介绍几个常用的基因信息数据库——BIOGPS、GeneCards

你的论文怎么还没写好?

什么?!你还在苦恼KIAA0922,SLC6A14ALDH1A2这三个基因有什么功能?

什么?!你还在百度这三个基因的信息?

 

下面就给大家介绍几个常用的基因信息数据库。

 

BIOGPS

 

BIOGPS是一个页面十分清爽的基因信息查询工具,用起来也十分简便,当本宫想要快速了解一个基因的信息的时候,通常会选这个网站。

比如搜个TP53:

左边显示了包括TP53这个关键字的信息列表,右边则显示了这一列表中的基因在不同物种中的情况。在中间表格中选中“人类”“TP53”,即可查询TP53的详细信息。

下面进入基因的详细信息:

第一部分(图中数字1)包括信息来源数据库(可以更改),探针名,基因简介;

第二部分(图中数字2)显示的是不同组织中的表达量;

第三部分(图中数字3)显示了基因命名信息(包括简称、全称、别称以及不同数据库的识别号)、染色体定位以及基因功能(GO)、转录本信息、编码蛋白信息以及相关蛋白名称

另外在页面右上角,还可以看到current layout,这里可以调整上面第二部分的显示内容,可以更换为维基百科,KEGG,外显子信息等等。

 

Uniprot

 

Uniprot则是一个蛋白质为主的查询工具,先看它主页的查询功能,同样搜个TP53:

选中第一行P53_HUMAN的Entry号:

从左边的标签可以看到大量的蛋白质信息,包括蛋白功能、命名分类、细胞亚定位、二级结构、相互作用关系、变异情况等等信息。

当然了UniProt包含的还不仅仅是基因编码蛋白质信息的查询功能,还有一些其它小工具。

比如BLAST序列比对功能一大波工具、数据库丢你一脸)、多肽序列查询比对功能

 

GeneCards

 

GeneCards的功能比较综合全面,从主页就可以看出它集成了大量数据库和工具,功能十分强大。要说局限性的话,可能就是它只是人类基因数据库吧。

点击不同标签可以查询TP53不同方面的信息,命名信息、相关药物、功能、细胞亚定位、不同组织表达量等等信息一应俱全。

简介部分GeneCards也是收录了各个数据库或网站上对该基因的描述,能够帮助我们更加全面地了解这个基因。

 

小结:快速了解一个基因可以选BioGPS;从蛋白质角度出来选Uniprot;全面详细地了解一个人类基因选GeneCards。

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