植物研究中的常见数据库(上)

今天为做植物研究的同学推荐一些常用的数据库。

1. 棉花——CottonFGD:https://cottonfgd.org/

这个数据库围绕棉花基因组和转录组的结果展开,包括了8个模块:

可以根据基因组位置和基因名检索,也可以进行blast,还可以分析多个基因表达和功能注释,绘制Venn图:

 

2. 水稻——Rice Expression Database (RED):http://expression.ic4r.org/

水稻中基因表达的数据库,可浏览,比如根据热图浏览已经注释过的基因表达结果:

以及某个基因在各组织的表达情况:

基因的结构和序列:

可进行多个基因的检索:

我们可以看到每个基因和转录本的表达、功能等等,分别是表达的折线图和热图:

3. 拟南芥——HRGRN:http://plantgrn.noble.org/hrgrn/

搜索基因信息:

可以看到每个基因周围的基因,包括了蛋白、化合物、转录因子、小RNA等信息:

还可以看到基因之间的可能调控关系:

比如ARR15与AB165等基因互作,而AB165与NPQ4互作,与LHB1B1等存在共表达模式。

 

另外,还可以搜索基因与通路、通路与通路的关系:

比如乙烯与生长素在3步以内的联系:

最后是根据基因构建network:

4. 植物ceRNA——PceRBase:http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp

收录了26种植物中可能存在ceRNA调控关系的信息:

可以分别根据基因名和miRNA名进行搜索:

结果:

可以选择基因进行展示之间的关系:

也可以根据miRNA或者转录本的序列进行预测:

另外,各个物种的信息还可以下载:

miRNA与靶基因的关系:

基因归属于的GO关系:

转录本与ceRNA以及miRNA的结果:

有了这些结果我们就可以用cytoscape自己展示了:

生物信息学

总结lncRNA常用数据库(下)

2019-8-9 23:56:42

生物信息学

如何查lncRNA序列?lncRNAdb以及UCSC数据库

2019-8-10 0:01:26

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