华中科技大学生科院开发的GSCALite——全能型TCGA网页版介绍

相信大家了解不少TCGA的网页版工具,有分析差异表达,有分析甲基化的,有生存分析的。今天给大家介绍的这款工具可以说是一个全能型工具,它就是GSCALite,网址是http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/。

 
这个工具由华中科技大学生科院的郭安源教授团队开发,2018年发表在生物信息学专业的国际权威学术期刊《Bioinformatics》。
 

有兴趣的同学可以看看主页下面的“Workflow”
 
下面我们就以网页上的栗子给大家介绍如何使用吧,点击“Show me example”,然后点击那个“放大镜”图标。
 
选好了基因、分析的组织、分析的类型后,点击“Start Gene Set Analysis”,然后会出现一个进度条,完成分析后会出现红色字体的“Please check the results on top-left menus of TCGA Cancer/Drug Response/GTEx Normal Tissue.”。这时候,你就可以在左边的栏目里点击查看结果了。而且这个速度还挺快的!
 
然后我们逐一来看下结果。
mRNA Expression
这部分的差异表达分析工具会选择只有配对样本的肿瘤进行,同时也是只有配对样本纳入了统计分析。
 
差异表达的图,可以通过设置长宽而调整热图的输出效果,可以输出为pdf的矢量图哦,大家可以试试。
 
 
差异表达的统计表格
 
 
基因表达量与生存的关系
 
 
基因表达与肿瘤亚型的关系
 
 
Single Nucleotide Variation
这部分有个提示:只会显示统计显著的结果,如果你的基因集或者肿瘤数目太少,可能没有显著结果而不显示。
展示的内容有SNV突变百分比热图:不同基因在不同肿瘤中的突变频率热图,越红表示突变频率越高。
 
 
然后就是SNV的概括图。可以不同类型的SNV一目了然。
高大上的图,怎么能离开Oncoplot呢?
 
 
在这个例子中,SNV Survival没有显著的结果所以,没有展示出来。
 
Copy Number Variation
 
首先有在不同肿瘤中不同CNV类型的比例饼图。
然后有热图展示不同肿瘤中杂合型(Hete)和纯合型(Homo)CNV比例热图
 
 
已经CNV与基因表达量的关系热图,展示CNV对基因表达的影响。
 
 
Methylation模块,则会展示基因的差异甲基化、甲基化与生存的关系以及基因甲基化与表达量的关系。
 
Pathway Activity
Global percentage部分则会介绍基因表达量与10个知名肿瘤相关通路活性的关系。若有N个肿瘤中,基因与该通路激活有关,则比例为N/32,显示为红色的部分。
Heatmap percentage
这部分展示的是基因对通路活性有显著影响的肿瘤比例。
 
 
Relation network
这部分展示基因集中基因与通路之间的关系(基因会激活或抑制通路)
 
 
miRNA Network
 
这部分则会展示参与这些gene list调控网络的miRNA和基因的关系。这个网络根据32个肿瘤计算分析得来的,不会因为肿瘤的变化而变化。
 
用户可以选择“networkD3”或者“visNetwork”展示自己的调控网络(这部分因为技术的原因,展示起来有点慢)。
Drug Sensitivity
在这里,工具会根据”GDSC”和“CTRP”两个数据库的数据,计算基因表达量与药物敏感性之间的关系。红色表示正相关,基因表达量越高,对该药物越敏感,蓝色则反之。
 
 
GTEx Normal Tissue
 
GTEx Expression会计算根据在不同组织中的表达量做一个热图,研究非肿瘤的同学可以学习下这里。
 
 
GTEx eQTL
这部分会显示每个基因在不同组织中表达数量性状位点信息

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