CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)查询某个基因蛋白在某个细胞系的表达情况

细胞系是很多基础研究的同学主要的研究的对象,也是体外实验不可缺少的步骤,我们往往会想知道某个基因在某个细胞系的表达情况,为啥呢?因为如果该细胞有某种表型B比如增殖能力强,和对照细胞相比,其A基因明显高表达,那我们就有理由推测A基因和B表现可能有关。有时候我们也要知道某个基因在某个细胞系的基础表达量

总之,了解某一个细胞系的基因表达量对科研方向和思路非常重要!但是是不是要通过自己跑细胞的PCR来知道呢?

完全不需要,下面的网址就可以了!

https://portals.broadinstitute.org/ccle

CCLE是Broad研究所与诺华研究基金会联合开发的在线数据库,大家看到界面很简洁,直接输入你想查的Genes或者细胞系,就可以了。目前,该数据库已经收录1100多种细胞系的基因信息,并实现了可视化,包含拷贝数,mRNA表达(Affy),RPPA,RRBS和mRNA表达(RNAseq)…

 

可贵的是,CCLE仍然不端更新…

 

比如我在框里输入COLEC12这个基因

如上,你可以选择表达量数据,突变数据,染色体异位融合数据,甲基化数据。

 

上图可以清楚的看到,COLEC12这个基因在各个细胞系的表达.

 

你可以尝试你感兴趣的2个基因,横坐标和纵坐标分别代表2个基因,正负代表高低表达(有点像流式),你很快就能够看出来在某个细胞系中两者之间的表达量情况:同向增高?同向减少?一高一低?

科研的哲学De课程里,我们讲到过,生命体里的基因往往是协同或对抗完成某一个生物学功能的,那么他们到底是协同还是对抗呢,因为每个基因他本身的一些功能是知道的,比如EGFR是表皮生长因子…

所以你就可以….

信息量巨大啊

当然,你也可以反过来查某一个细胞系里的基因表达情况

最后,记住,所有搜索结果都是可以进行下载!

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