文献解读:lncRNA研究的文章

今天给大家分享一篇lncRNA研究的文章(Long non-coding RNA SNHG15 interacts with and stabilizes transcription factor Slug and promotes colon cancer progression),文章发表在Cancer Letters上。
同为正向调控下游基因,本文作者研究的机制不是ceRNA机制,而是LncRNA抑制下游基因的泛素化降解,从而正向调控下游基因。
作者首先通过GEO数据库数据挖掘,结合PCR验证结果,排除已经有研究报道的lncRNA,最终挑选了SNHG15这一lncRNA。

 

接下来作者在结直肠癌临床样本和不同结直肠癌细胞系中进行了进一步的验证:
在细胞表型研究中,作者发现SNHG15能够显著促进结直肠癌细胞的迁移。
做完表型再考虑分子机制,就像是看菜吃饭一样,由于SNHG15与细胞迁移有着莫大的关联,自然而然就想到了上皮间质转化(EMT),作者过表达SNHG15之后,发现与EMT相关的调节因子中,只有Slug是表达上调的,并且是蛋白水平的上调,而非mRNA水平的表达上调。
到这里,就可以排除ceRNA机制了,因为ceRNA机制是mRNA水平上的变化。RNA pull-down实验进一步证明了SNHG15与Slug蛋白间的相互作用,所以作者考虑SNHG15可能调控Slug蛋白的降解,实验结果表明SNHG15能够抑制BTRC(E3泛素连接酶)介导的Slug的泛素化降解。

 

最后,作者在体外实验中验证了SNHG15对肿瘤生长的促进作用

 

小结:总的来说,整个文章的工作量差不多是一个青年项目的工作量,如果说能够把lncRNA的上游机制研究清楚,整个研究就能更上一个档次了。
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