GeneCards收录所有基因信息的数据库

俗话说,内事不决问百度,外事不决问谷歌,房事不决问天涯(疑车有据),感情困惑找论坛,总有一个途径可以为你提供解决方案。
但是,假如你要深入了解某个基因,应该问谁呢?
笔者觉得,问下面这个老司机最合适!
图片来源:GeneCards
哦,笔者忘记了,你们不爱看这种,下面这种才是你们爱看的:
图片来源:GeneCards
GeneCards
 
网址是 :https://www.genecards.org/
网址请收藏好,别丢啦!
该网站叫 GeneCards,是由以色列威兹曼研究院和美国 Lifemap 生物科技有限公司联合开发的综合性数据库。它始建于 1997 年,至今已有二十多年的历史。
由最初的单一人类基因数据库 GeneCards,逐步发展成更加全面的基因数据库组。其附属数据库包括了人类基因数据库 GeneCards,人类疾病数据库 MalaCards(下文会涉及),人类通路数据库 PathCards 等等。

说白了,就是想找基因与疾病的关系,或者想看基因的相关通路,这个数据库都会说:「我可以!」

GeneCards 还推出了人类表型工具 VarElect,以及高通量测序(NGS)数据分析解读整体平台 TGex ,以帮助生物医学工作者进一步挖掘基因组数据。
简单来说,你可以把 GeneCards 当成是基因的谷歌,你需要的基因信息都会在这个数据库中收录哦。
在右上角的「keywords」搜索框里面,搜你感兴趣的基因。
图片来源:GeneCards
可看到,除了「关键词」搜索,也可以使用「符号」,或「符号/别名」或「关键词/符号/别名」具体检索。看个人需要,像笔者这种就喜欢简单粗暴的玩法——关键词检索。
举个栗子
用大家最熟悉的「TP53」好了,输入,开始搜索。
图片来源:GeneCards
然后,你会发现搜索结果超级多,GeneCards 会列出一系列有关的基因,我们单纯的看第一个 TP53,小手点进去。
图片来源:GeneCards
图片来源:GeneCards
我们先来看一下都包括什么,有基因的别名、疾病、表达、功能、基因组学、直系 or 旁系同源物等等。
接下来,一起详细看一下具体都有什么
基因的别名
图片来源:GeneCards
首先是「TP53」基因的别名,它叫「Tumor Protein P53」,同时它又叫 「Cellular Tumor Antigen P53」、「Phosphoprotein P53」、「Transformation-Related Protein 53」 等等。
好比笔者是个基因,身份证上叫建国,男朋友叫我艾莉,我妈叫我翠花,奶奶叫我傻妮(虽然不想承认,但那也是我)。
基因的别名就是这个作用。
GeneCards 不仅提供别名,它还提供其他数据库的链接,比如说 HGNC ID、Entrez Gene ID、Ensembl ID、OMIM ID 等等信息。
好比你只知道笔者叫艾莉,但是有了 GeneCards,你就可以知道我还叫建国、翠花、傻妮,还有我的星座、籍贯等等。
我们选择其中之一「HGNC ID」,点进去看一下。
图片来源:HGNC
基因的概述
图片来源:GeneCards
GeneCards 列出了「TP53」基因在其他网站中最重要的信息。
比如,说它编码转录激活、DNA 结合和低聚结构域的抑癌蛋白。编码的蛋白质对多种细胞应激作出反应,以调节靶基因的表达,从而诱导细胞周期停滞、凋亡、衰老、DNA 修复或代谢改变。
该基因的突变与多种人类癌症有关,包括遗传性癌症,例如 Li-Fraumeni 综合症、骨肉瘤。
在这里以少见的「Li-Fraumeni 综合症」为例,点进去看一下。
图片来源:MalaCards
OK,反正就是你想要知道与「TP53」基因有关的疾病,GeneCards 就给你有关疾病的链接;你想知道相关通路,GeneCards 就给你跳转相关通路。
 
哪里不会点哪里,导师再也不用担心我找不到这些资料了。
基因组学
图片来源:GeneCards
此区域,主要是基因组信息,调控信息如启动子、增强子,还有一些表观信息的地方了,如果还对转录本什么的有兴趣,这里也会为你提供相关内容哦。
这里我们可以先看一下 GeneHancer 来源之一「EPDnew」,为便于查看,笔者仅截取部分内容。
图片来源:EPDnew
再来看下一个「ENCODE」——DNA 元素百科全书。
图片来源:ENCODE
奈何笔者没文化,只能用牛 beer 来形容 ENCODE。
该项目是美国国立人类基因组研究院,在 2003 年 9 月启动的跨国研究项目。旨在解析人类基因组中的所有功能性元件,它是人类基因组计划完成之后,又一重要的跨国基因组学研究项目。
ENCODE 项目,曾被 Nature 评为年度十大科学突破之一!
蛋白质
图片来源:GeneCards
该部分呈现出所有跟「TP53」基因有关的不同的蛋白质,还有不同的蛋白产品、抗体产品等等。
图片来源:GeneCards
图片来源:GeneCards
以抗体产品其中之一为例,点进去看一下这家抗体供应商。
图片来源:ORIGENE
如果你是搞蛋白质的,那这一部分简直是精准扶贫了,各种产品应有尽有,不怕你不心动。
基因的功能
图片来源:GeneCards
由于这部分内容特别多,笔者就截了一小部分,感兴趣的小伙伴可以详细的看一看。
功能这块主要有分子机制、基因表型、HPO 有关词条、酶、生物制剂、动物模型产品、克隆产品等。
基因表型与 HPO 有关词条
图片来源:GeneCards
图片来源:HPO 官网
对 HPO 感兴趣的小伙伴可自行搜索。这一部分有中文网站,国人做的还是挺不错的。
动物模型产品
图片来源:Taconic 官网
看基因累了吧?来看看可爱的鼠鼠,如此多的模型,总有一款击中你的心。
克隆产品
图片来源:abm 官网
这部分内容,就笔者个人觉得,在遗传病、罕见病的诊断当中还是很有用的,由于内容太多太全了,笔者就不一一介绍啦。
基因的位置
图片来源:GeneCards
这一部分就比较厉害了,不仅会告诉我们「TP53」基因在核基因中的位置,还会告诉该基因在亚细胞结构中的位置,如线粒体、高尔基体等等。
只要存在该基因,GeneCards 就可以为你提供,简直堪比雷达,让「TP53」基因无处可藏。
连染个色,都是爱你的形状。笔芯~
图片来源:https://www.proteinatlas.org/
要想生活过的去,头上哪能没点绿 
图片来源:https://www.proteinatlas.org/
结  语
篇幅所限,加上这个数据库的内容实在太多啦,笔者先介绍到这里,但是这仅仅是 GeneCards 的凤毛麟角!
基因的产品、表达、信号通路等等,还有太多太多的内容等着你去发现哦!

收藏了,并不等于会用了。自己去网站实践一下,说不定一个 idea 就出现了呢~

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