GEPIA2介绍:在线TCGA基因表达和生存分析的工具

今天跟大家分享的一个在线TCGA基因表达和生存分析的工具GEPIA2),2019发表在NAR上,目前已更新到2.0版本,访问网址是http://gepia2.cancer-pku.cn/#indexTCGA数据基因差异表达、相关性、预后等相关研究的小伙伴可以作为参考,结果和图可以直接导出。
 
GEPIA2: an enhanced web server for large-scale expression profiling and interactive analysis.
 
背景介绍和意义就不多说了,直接使用说明,能进行基因差异表达分析,生存,泛癌中表达热图绘制,降维网站主页如图1所示

 图1 GEPIA网站主页

1. 基因表达一般性分析
输入框中输入感兴趣的基因名,得到不同组织中正常和癌症中的表达热图图2。继续往下拉会有散点图(图3)、柱图(图4),以及共表达基因列表

图2 基因表达的一般性展示
 

图3 基因表达散点图
 

图4 基因表达柱状图
2. 差异表达分析
接下来是差异表达分析下拉选择癌症类型,筛选差异的阈值,筛选差异表达的方法,点击plot可得到差异基因的不同染色体分布5)。点击list得到差异基因列表(图6)。可以对差异结果进行下载。

 5 差异表达基因分布

 图6 差异基因列表
3. 表达DIY
这个功能比较实用,点击expression DIY,会发现有四个功能如图7所示。例如在

 图7 expression DIY
往下拉可以输入基因名,差异阈值和选中癌症类型,可以全选或者选择感兴趣的癌症类型,这里我们全选并点击add,点击plot,得到所有癌症正常组织中的表达情况(图9

图8 表达DIY的选择
 

 9 癌症与正常基因谱
此外同样可以进行箱式图的绘制选中感兴趣的癌症类型,方法类似,得到boxplot10)。可以下载pdf版本的图,以及DIY颜色配置

 10 差异表达箱式图
对于不同肿瘤分期,添加需要研究的肿瘤类型,同样可以不同的分期中基因表达进行分析(图11)。

 图11.A violin plot

 图11.B 不同分期基因表达violin plot
最后,可以对感兴趣的基因列表在多个癌症中以及正常组织绘制表达热图,输入感兴趣的基因列表,ctrl+鼠标左键选中癌症类型并点击add添加,点击plot即可出结果(图12,13可以用鼠标框选后放大。

12 多基因泛癌表达热图

 13 多基因泛癌表达热图
4. 生存分析
我们在研究基因表达与生存之间的关联输入基因名以及是OS还是RFS,以及自定义颜色等,点击add添加感兴趣的癌症类型,点击plot就可以得到最终的生存分析结果(1415

 图14 生存分析

 15 生存分析结果
如果不知道癌症中哪基因与生存有关,点击most differential survival genes,得到与生存有关基因的列表,可以进行结果下载(图16)。

 图16 生存相关基因列表
 
在多个看多个基因多个癌症中与生存的关联,可以利用survival map工具,输入基因列表癌症列表,得到每个癌症中每个基因与生存的显著性p(图1718

 图17 survival map

18 泛癌基因生存p值热图

5. Isoform分析
众所周知,一个基因存在多个转录本,我们对一个基因的不同的转录本的表达同样可以研究观测不同转录本的表达丰度(图19

 图19 不同转录本的表达
6. 相关性分析
计算基因signature之间相关时,我们可以利用该工具进行在线绘图,在这里,我们对两个signature进行相关性分析,得到基因之间相关性图(图20

 图20 基因或基因集相关性分析
7. 相似基因检测
识别相似基因时,往往采用Pearson相关性进行度量,该工具可以输出按照相似系数排秩的基因列表(21)

 图21 相似基因列表
8. PCA降维
 
由于基因数目较多,维度较大,对肿瘤进行可视化比较困难。利用主成分分析PCA)进行可视化,这里以乳腺癌的正常和肿瘤为例,选择基因进行降维(图22)。可以得到每个主成分的方差贡献图(图23)。以及样本的二维和三维可视化(图2425

 图22 PCA降维
 

23 主成分方差贡献

 24 二维可视化

25 三维可视化

好了今天的数据库介绍就到这里了,希望该数据库对大家的TCGA数据分析以及结果展示提供一定的帮助。

工具介绍

头颈癌数据库HNCDB使用介绍

2020-1-17 0:58:02

工具介绍

人类疾病相关的翻译后修饰数据库:PTMD

2020-1-20 19:20:28

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