IRIS-EDA:网页版RNA-seq、WGCNA分析工具

此前白介素同学写过一些关于 RNA-seq数据的网络分析神器,又名碉堡的神器系列:

私下还有小伙伴批评我用词不雅,这次就改称网页版神器好了。还写过一期关于单细胞测序数据分析工具:

主要是集中了主流的分析软件。但是,To our knowledge, 目前为止还没有关于单细胞测序数据分析的网页工具,这次白介素同学分享一个重磅网页版神器,这里的RNA-seq,不仅仅是RNA-seq,还包括 scRNA-seq。

不多说了,来欣赏一波进化版的网页神器(IRIS-EDA)吧,首先也是看下大体长啥样

这就是基本的界面了,非常简洁干净,嗯,深得白介素同学喜欢呀( “我就是喜欢简约大方呀,恭喜你选对了”) 。下面进行操作演示了,由于操作都是一样的,于是白介素同学就直接选用单细胞测序数据进行测试了:

然后咱们点击提交,具体时间要看你的数据量,数据量小的相对比较快,然后就进入了第二个分析界面,以及它所能完成的一系列秀操作了。

好,下面开始正式秀操作了,包括样本相关性聚类图,PCA MDS,以及最近非常流行的 tSNE,热图流行好久了,还有聚类,因为根本不需要多余的动作,点进去就能看,白介素同学就直接展示下看看有哪些图了。

 

样本相关性聚类图

 

tSNE

流行很久的热图

某种不知名算法的聚类,具体细节就不多说了,感觉用的不是特别多,但是图还挺酷的:

好,下面要敲黑板了! WGCNA这种比较高级的分析,据白介素同学所知,还没有见过哪个可以直接用网页工具点击做的吧??但是,咱这个能做,这就比较毒了吧?下面秀操作:

WGCNA的样本聚类图

WGCNA基因模块

 

还有一个很漂亮的图,一般会放在论文里的,可以直接下载哈;

接下来的功能就是差异基因分析了,这个大家比较常规了,也大体展示下能得到哪些结果,白介素同学保证,操作绝对是简单得不能再简单了。

 

下面坐等收获成果了,小样本比较快的。

基本上到此为止,一套常规的分析就完成了,学习成本非常之低了! 白介素同学此前也说过,越来越多的网络轻工具在降低我们常规分析的门槛,帮助无生物信息背景的小伙伴分析数据,毕竟RNA-seq这样的技术方法已经飞入百姓家了嘛。怎么样,3分钟感觉是差不多了哈。

本神器芳名IRIS-EDA(http://bmbl.sdstate.edu/IRIS/),关于本网页版神器的学术论文发表在 PLoS Comput Biol 杂志。

附上参考文献:

MonierB, McDermaid A, Wang C, Zhao J, Miller A, Fennell A, et al. (2019) IRIS-EDA: An integrated RNA-Seqinterpretation system for gene expression data analysis. PLoS Comput Biol15(2): e1006792. 

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