文献解读:零代码复现一篇单基因5分生信分析文章

各位科研芝士的朋友,今天继续和大家分享一篇Aging的文章,这篇文章不再是讲signature了,作者在题目中就告诉大家本篇的重要研究分子-RBM8A,不再是茫茫人海遇知己,而是已经知道知己,开始编写该分子的浪漫爱情故事。整篇文章丝毫不涉及到编程,几乎全部是点点鼠标便能实现的操作。

点名研究的RBM8A分子重要性

第一步作者便开始向大家推销自己的研究对象的重要性,强调了重要性才会有下一步的操作,作者发现该基因在肝癌组织中高表达,认为其可能是一个新的原癌基因。

公共数据集探究该分子表达

作者利用整合了GEOOncomine数据库进行分析,研究RBM8A分子的转录表达情况,发现其mRNA水平和DNA的CNV均较正常组织中较高,说明这个分子可能会导致疾病。从图中可以看到,虽然其表达情况的Fold Change均小于2,但是其Rank均在前25%,说明很重要。接着作者采用整合TCGA数据集的UALCAN网站进行调查该基因在TCGA中的表达情况研究,同时基于年龄,性别,种族进行了分组分析

RBM8A变化频率和类型研究

作者对该分子的变异频率和类型进行了统计,发现RBM8A改变中上调为16%,突变为0.3%等,这些都是借助在线工具cBioPortal 工具完成,可见又是在线工具完成一个表格。

RBM8A变化相互作用网络

作者同样借助在线工具cBioPortal来寻找变化频率在20%以上的相互作用的分子,并绘制了相互作用网络。

功能富集分析

 作者借助LinkedOmics在线工具进行了差异分析,并绘制了火山图和热图,接着借助Function模块分别进行了BP,MF,CC,KEGG富集分析。

靶标网络构建

首先采用LinkedOmics工具进行激酶,miRNA和转录因子的寻找,每个各找了前5个,如下:

接着作者借助GeneMANIA工具绘制了PPI网络。
至此整篇文章就结束了。

文章所用到的工具总结

Oncomine,UALCAN,c-BioPortal,LinkedOmics,GeneMANIA,5大在线工具完成5分文章,看着让人羡慕。

OK,这个文章就结束了,这篇文章思路非常清晰,整个流程全部无代码操作,最后大家是不是看的有点小激动?
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