EWAS Data Hub:甲基化研究数据库

提到GWAS相信大家都不陌生,但是EWAS相信很多小伙伴还是第一次听说。EWAS,全称Epigenome-Wide Association Study即表观基因组关联研究,相当于GWAS的表观遗传等效物,能够帮助我们了解表观遗传改变与相关形状变化和调控之间的关系。

随着技术的发展,近几年表观遗传尤其是DNA甲基化数据猛增,很多数据库比如GEOTCGA等都进行了广泛的收录,但是这些数据在使用的时候仍存在挑战。比如各大数据库更倾向于收集原始数据,但是缺乏合适的方法来消除不同数据间的批次效应;各数据库的元数据(Metadata)也有标准的差异。

今天给大家推荐的这个网站能够有效减弱或去除数据间的批次效应,并且能够帮助大家进行有效是数据分析。

EWAS Data Hub

https://bigd.big.ac.cn/ewas/datahub

EWAS Data Hub是国家基因组学数据中心提供的一个数据库,这个数据中心建立了我国生命健康大数据整合,DNA甲基化分析只是其中很小的一部分,感兴趣的同学可以去这个数据中心找一下自己感兴趣的数据,可以直接从这个网站链接过去。

EWAS Data Hub的数据主要来自GEOTCGAArrayExpressEncode数据库,对其中的Array dataMetadata进行了提取和整合,通过均一化处理和质量控制,使得不同平台的数据能够进行合并分析。

网站可以提供探针(probes)、基因(genes)和样本(Samples)三种搜索入口,搜索的结果将会上图蓝色图片的九种呈现。我们以网站提供的cg16867657探针进行搜索,看看能够给我们提供什么信息。

网站上方提供了不同的选项,在Basic选项中,我们可以看到探针所在的基因组位置、测序的平台、相关基因已经在EWAS地图中的定义特征等。

Tissue选项中,我们可以看到在31个组织,25个大脑部位和25种血细胞类型中的甲基化水平差别。

Sex选项中,同样以小提琴图的方式向我们呈现了,男女之间甲基化水平的差别。

Cancer选项中,还可以看到上图的数据呈现,通过选择自己研究的肿瘤,就可以看到对照组和实验组之间的甲基化水平的差别,同时还有相对应的生存曲线。

网站对DNA甲基化数据提供了多种选择,便于大家查找和局限相应的条件进行分析,同时,网站上的数据和图表都可以下载高清大图,用在各位的文章和标书中,定能增彩不少。说不定分析分析,一个有意义的课题就出来了。

今天就跟大家聊到这了,感谢您的关注,我们会一直给大家推荐好的工具和文章,让科研生活更有料。

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