GeneCard数据库使用方法简介

当你在研究一个基因时,你应该首先应该知道这个基因的研究的进展,如该基因是否是个与癌症相关基因,它在各种细胞系或者组织中的表达,它的产物能与哪些蛋白质相互作用,参与了哪些细胞通路,这样才能不会制造相同的轮子。你可以根据你想了解的相关信息查询相关文献或者相关数据库或者网站,这件你就有可能需要看很多文献或者网站。下面我给大家介绍一个可以轻而易举的获得该基因的全面的信息的网站——GeneCards

GeneCards(http://www.genecards.org/#),是一个全面的,综合的收集所以已知的或者预测人类基因。它整合跟基因相关的基因组、转录组、蛋白质组、临床等相关信息,收集整理了超过100个网站的数据。

下面我将简单给大家演示一些网站的作用。进入GeneCard网站,你将看看如图1的主页,我们便可以在搜索框,如图2红色方框输入你的gene名称,或者你可以选择你输入的类型,见图2黄色方框。我们输入EGFR,点击search,弹出图3界面,我们看到以EGFR为关键词搜索,得到很多相关的结果,结果页面第一个便是我们想要的基因,见图3红色方框,点击EGFR,图3黄色方框,得到EGFR基因信息。
 
图2.GeneCard网站搜素页面
 
图3.GeneCard网站结果页面1
在EGFR结果页面中你将看到很多EGFR的信息,下面我将简单给大家介绍该网站收录的信息。
基因名称信息:该网站收录很多其他网站(HGNC,NCBI,uniprot…)的基因名见图4。而且你还可以点击对应名称,见图4红色方框,到相应网站。
图4.GeneCard网站结果页面2
 
概要信息:该网站把其他网站(Entrez Gene,GeneCards,UniProtKB/Swiss-Prot…)EGFR的概要信息放在一起,供研究者查看,见图5.
图5.GeneCard网站结果页面3
 
基因组信息:EGFR在基因组的信息,见图6.该网站还收录的基因调控信息和表观信息。EGFR的调控信息见图6黄色方框,表观信息见红色方框。
图6.GeneCard网站结果页面3
工具介绍

UCSC XENA:泛癌全基因数据分析工具

2020-8-11 12:18:02

工具介绍

KEGG信号通路可视化(下)

2020-8-11 22:12:10

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