KEGG信号通路可视化(下)

信号通路作为细胞内活动的真实写照,素来都是分子机制研究的重头戏,因而无论是高分文章还是申请基金,都少不了要抱抱信号通路的大腿。然而,信号通路内分子盘综错杂,有时我们需要绘制信号通路图来协助理解。但是,自己画的图难免…..非常难看。

                       

因此,我们常借助一些信号通路的可视化软件来绘制。今天给大家介绍点场用的软件或网站。

KEGG是我们做信号通路研究中接触最多的一个数据库。这个庞大数据库一个有别于其他数据库的显著特点就是具有强大的图形功能,可以直观图形来介绍众多信号通路以及各类通路之间的关系。里面的KEGG mapper可用来对信号通路进行可视化。

网址:http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

打开网页,首先选择我们输入的基因。

                                    

注意:在数据ID的里面是不接受基因名的。所以我要进行转换。用DAVID可以转换,具体方法自行百度哈。

如下图,我们输入想要标注的基因和对应基因想要标注的颜色。然后点击”exec”提交即可。

            

最终我们会得到这些基因主要位于哪个通路。然后选择想要标注的通路即可。

                       

此外,维基百科相信大家都很清楚的吧,他们可能觉得如果只在生活领域进行百科进行普及的话,彰显不出权威。在分子生物学方面他们也建立了WikiPathways数据库,而且大公司嘛。其通路的更新速度也是惊人的。我们看他们的更新速度就会发现基本每个月都有更新的。

通过登录wikipathways(https://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathways).我们可以进行简单的搜索,搜索基因、关键词、通路都可以。比如我们通过检索“凋亡”得到凋亡通路。

           

 

那么对于更新这么快。可视化这么好的通路图,我们能进行自己的编辑或者标注颜色吗?答案当时肯定也是可以的啦。

pathvisio是一个可以绘制通路同时可以对通路进行表达可视化的软件。我们百度即可找到。找到后点击下载即可把软件下下来了。

           

打开软件后。我们可以看到。这个软件和之前介绍的那个PathwayMapper一样。也可以自己DIY通路。而且里面的东西相较于那个软件还多一些。

           

不止可以标注基因及基因之间的关系还可以画简单的细胞器。

           

那么除了自己画通路之外,我们照样可以加载wiki上的通路。我们依次点击”Select Plugins>>Wikipathways>>Search”(如果没有”Wikipathways”选项。可以在在plugin manager中安装即可。)这里我们检索和人类相关的凋亡。即可出现相关的通路。

那么接下来我们怎么对通路进行颜色标注呢。这里我们使用系统自带的示例文件进行演示一下。首先我们先导入一个老鼠的凋亡通路图。

           

导入表达数据(Data -> Import expression data)打开后,加载表达数据

           

为了进一步修改我们想要可视化的数据( Data -> Visualization options)。我们选择根据log fc进行高低进行可视化

           

最后我们点击OK。即可得到含有表达量的图了。

至于为什么一个基因可能有好几种颜色呢。是因为在芯片中这个基因可能对应着好几个探针。好了,今天就介绍到这里,希望对大家有用吧。

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