2010-2019年基因测序各类文章发表数量统计及变化趋势

随着高通量测序技术的不断进步,在生命科学研究领域,有了越来越广泛的应用,尤其是在系统生物学研究中,高通量测序技术已经是不可或缺的重要组成部分。

我们回顾了从2010年到2019年,这十年来,利用基因测序技术发表的文章数量。基因测序技术应用在了科学研究中的多个方向,包括基因组测序、外显子组测序、转录组测序和微生物组测序等,通过统计文章的数量,探究变化趋势,了解发展方向。

利用PubMed(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/) ,分别检索四个关键词:Genome sequencingExome sequencingTranscriptomeMicrobiome,将得到的文章数量,汇总如下表。

注:检索日期为2020718

从检索结果看出,基因组测序(Genome sequencing)每年的文章发表数量比较稳定,约40000篇,包含基因组从头测序、基因组重测序,物种涉及动物、植物、真菌、原核生物和病毒等。外显子组测序(Exome sequencing)近几年每年约3000篇,2019年文章的数量是10年前的62倍;主要来源为医学研究领域,物种包括人、大鼠、小鼠等,外显子组测序与基因组测序相比,有测序深度大、测序成本低的优势。转录组(Transcriptome)的检索结果中,包含绝大部分的转录组测序(RNA-Seq)文章,另包含部分小RNA测序、lncRNA测序和circRNA测序的文章,总体来看,文章数量多,增长幅度大,2019年的转录组文章数量超过15000篇,是十年前的近6倍。微生物组(Microbiome)的检索结果中,包含为生物多样性检测,如原核物种的16s和真核物种的18s/ITS,并包括宏基因组和宏转录组等;微生物组从2010年的文章数量不到转录组的一半,到2019年文章数量达到16000篇以上超过转录组,增长明显;2019年的微生物组文章数量是十年前的近14倍。

从上图可以看到,外显子组测序、转录组和微生物组都在逐年递增。外显子组由于物种的限制,基数相对较低;外显子组的增长幅度是最大的,但近几年增长幅度较低。

转录组呈线性增长,越来越成为一种常规的检测手段,广泛应用在检测基因表达差异、寻找RNA分子标记等研究中。

微生物组无论增幅还是基数都较大,文章数量已在2019年超过转录组,且与2018年相比,增长超过3000篇,成为了组学研究中非常重要的一员。

随着基因检测技术的发展,无论检测平台、方法、数据分析,还是数据库,都在不断的发展,后续,我们将从检测平台、技术手段等维度做进一步的统计和趋势分析。

杂谈

论生物医学方向科研服务行业的未来发展

2020-8-14 23:38:12

杂谈

转录组测序到底需要几个重复?

2020-8-14 23:57:14

加入Q群
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
今日签到
有新私信 私信列表
搜索