文献综述:lncRNA经典研究思路

20204月,加利福尼亚大学学者Elektra K. Robinson等在BBA – Gene Regulatory Mechanisms发表综述文章The how and why of lncRNA function: An innate immune perspective,阐述lncRNA的研究进展和在免疫学中的研究。

 

长链非编码RNALong noncoding RNAs , lncRNAs)是一类存在于真核生物中的长度大于200nt的转录物,缺乏蛋白质编码潜能。人类基因组中已知有16193个带注释的lncRNA。只有不到3%的被注释的lncRNA功能已知。有必要对lncRNA的功能做更为深入的研究。现已知的功能中,lncRNAs主要通过多种机制在转录和转录后水平上调节基因表达。

 

1)总结近年来lncRNA文章发表数量,包括总的lncRNA文章数量和在免疫学研究中lncRNA文章的数量。到2018年,已达到每年近5000篇的水平。而来自PubMed 2019的数据,lncRNA相关的文章总量已有6900余篇,免疫学相关的lncRNA文献约300篇。

 

 

2)lncRNA的分类和分子功能

文章从lncRNA的调节和功能方面,阐述lncRNA的顺式调节和反式调节作用;描述在转录调控、共转录和转录后三个环节中行使的功能。

3)lncRNA研究思路

下面的流程图为研究lncRNA提供了一个指南。

  • 不是全部数据库中的lncRNA都适用于开展研究。候选lncRNA的选择应考虑lncRNA的表达、种类和附近编码基因的变化。
  • lncRNAs的生物信息表征可以使用多种在线数据库完成。
  • 表达验证:包括表达验证和确认lncRNA实际上是非蛋白编码。
  • 功能验证涉及lncRNA调控基因表达,以及揭示转录物中对其功能重要的特定顺式元件。

4)总结

lncRNA已经被深入研究了几十年。当时我们还不知道这些RNA代表了基因组中产生的最大的RNA基因家族。RNA测序提供了对人类基因组前所未有的洞察,从而发现了大量的非编码RNA转录物。lncRNA的研究正以惊人的速度增长。通过查找已发布的RNA测序数据来选择lncRNA。此外,由于lncRNAs在表达模式上是细胞类型特异性的,单细胞测序技术的持续发展将不断优化和完善lncRNAs的数据库。

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