TAM 2.0:miRNA研究

现如今,miRNA虽略逊风骚,但仍是科研新手之友。而研究miRNA,自然少不了高通量筛选验证以及功能分析。那么在miRNA的浪潮中,又要如何快狠准的找到独属于自己的SCI种子呢?今天要分享的科研神器——TAM 2.0,或许可以给我们一个答案。

TAM 2.0主要包括三大功能:“Analysis”,“Comparison”,“Query”。

Analysis:可以数据库中miRNA集为背景进行富集分析,探索miRNA的功能或与疾病的关联;

Comparison:评估这些上下调的miRNA与疾病发生或抑制的关系;

Query:可以通过关键词查询相关的miRNA集。

miRNA富集分析

打开TAM2.0网站,点击Analysis。而后直接将官网提供的数据复制黏贴到Step1下的文本框中。

值得注意的是,目前TAM数据库只能接受人类miRNA基因前体名作为输入,格式默认为hsa-mir-prefix,同一成熟miRNA的不同前体,会用-1、-2以示区分。

以miRNA成熟名hsa-miR-140-5p为例,输入文本框中时,TAM会自动将其改为它的前体名hsa-mir-140;但如果未标明具体的pre-miRNA名,如 hsa-mir-24则会映射到hsa-mir-24-1 和 hsa-mir-24-2这两个前体miRNA。

Step2:输入背景miRNA列表,非必须输入选项。TAM默认使用数据库所有miRNA注释作为背景,一般情况下,保持空白即可。

Step3:对于miRNA富集分析,默认选择overrepresentation即可。

Step4:设置miRNA集中miRNA的最小和最大数目,该数目是输入miRNA列表和数据库中miRNA集的交集的最小数目,这与前面的富集分析时设置的最大最小数目含义相同。

Step 5:Up and down——TAM数据库中包含这些上/下调miRNA的数据集会被特别关注。

Mask cancer-related terms——选择此项,癌症相关的miRNA数据集不会用于后续的富集分析

Mask non-standard terms——TAM中一些miRNA条目与标准数据库如 ICD-10-CM 和 Gene Ontology无法对应,选择此项,这些miRNA条目不会用于后续的富集分析

点击“Run”提交任务到TAM服务器运行,网站运行后返回结果。TAM富集分析的主要结果是一个表格。

点击Details,可以查看该Term在其他数据库中的链接,点击即可跳转查看相应信息。

而Association Details则以表格形式提供了每个miRNA来源的参考文件的 PubMed ID,点击PMID的链接,可跳转查看该miRNA的相关文献。输入列表中的miRNA会被高亮显示。

点击“Result Visualization”,可以查看miRNA富集分析的图形展示。

两个miRNA列表的比较

点击Comparison进入比较程序,依次将上调和下调的miRNA列表复制粘贴到“Step1”和“Step2”中,其他参数保持不变。

点击“Run”,提交任务到TAM数据库运行。点击“Run”,提交任务到TAM数据库运行。

个miRNA term查询

点击Query进入查询功能。左侧可以查看TAM网站储存的miRNA分类信息。以hsa-mir-143为例,输入后,点击Search查询,可以查看并筛选结果。

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