如何做GO与KEGG分析-DAVID使用教程

这期番茄君为大家带来如何利用DAVID在线数据库做GO与KEGG分析。
1.DAVID在线数据库网址链接(https://david.ncifcrf.gov/)。打开后如下(部分):
2.点击上图中红色框里的Start Analysis。如下:
3.上传基因。Step1: Enter Gene List有两个选项可以上传基因:第一种方法是在A: Paste a list的白色框里输入基因名字;第二种方法是利用B:Choose From a File上传文件。我们输入了57个和奶牛产奶性状相关的基因(注意,所有基因排成一列后再输入,如果是上传word文档,也是将所有基因排成一列)。
4.点击Step2: Select Identifier下拉选项框,由于我们直接输入的就是基因的名字,所以这里选择OFFICIAL_GENE_SYMBOL。
 
5.点击Step3:List Type的选项Gene List。
6.点击Step4:Submit List的Submit List。出现如下提醒,原因是我们没有选择物种,先点击确定,自动转到了List栏。
 
7.选择物种。因为我们输入的这些基因与奶牛产奶性状相关,所以选择奶牛Bos taurus,点击selected species。
8.点击Backgroud,同样选择Bos taurus,点击use。
这样分析过程就完成了,接下来我们来看一下结果解析。
1.点击Functional Annotation Tool,跳转到Annotation Summary Results界面。
2.点击上图中Gene_Ontology前面的+号,即出现GO分析的三种类型BP, CC和 MF。
3.点击GOTERM_BP_FAT后面的Chart,即出现了这些基因聚集到的BP类型。
还可以选择不同的参数,点击Options前面的+号,有些文章以FDR为参考,选中FDR,点击Rerun Using Options即可。
同理,GO分析的CC和MF类型以及KEGG_PATHWAY分析的结果解析和上面是一样的。
 
DAVID数据库功能强大,远不止可以做GO和KEGG分析,还可以做基因ID之间的转换、ID转换为基因名称等等。当然做GO与KEGG分析的数据库还有很多很多,例如KOBAS以及其他在线数据库等等,各有优缺点,按需所取。
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