蛋白相关的数据库汇总

在蛋白质研究中,经常会用到一些数据库,今天对这些数据库做一个汇总,具体如下:

蛋白质结构域预测工具

Esignal:http://motif.stanford.edu/esignal/

信号传导系统蛋白的结构域预测工具,凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳

SignalP:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

信号肽预测工具,适合定位于非胞质位置的蛋白质

Emotif:http://motif.stanford.edu/emotif-search/

结构域预测工具,由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型,故预测效果比Prosite好

Ematrix:http://fold.stanford.edu/ematrix/

是用Matrix的方法创建的结构域数据库,可与emotif互相印证。其速度快,可快速搜索整个基因组

InterPro:http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/

EBI提供的服务,用图形的形式表示出搜索的结构域结果

TRRD:http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/

转录因子结构域预测的最好数据库

Protscale:http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl

可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性(Kyte&Doolittle)、抗原性(Hopp&Woods)等

通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能

A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断,其概念比Domain小

PROSITE:http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/

是专门搜索蛋白质Motif的数据库,其中signature seqs是最重要的motif信息

B. Domain:若干motif可形成一个Domain,每个Domain形成一个球形结构,Domain与Domain之间通常像串珠一样相连

Pfam:http://www.sanger.ac.uk

可以搜索某段序列中的Domain,并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法:在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号

CDD:http://www.ebi.ac.uk/interpro/

NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink,Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找Domain信息,则可进入Blink链接,再进行CDD搜索,就可以了。看Domain的详细信息可以到:http://www.ebi.ac.uk/interpro/上进行搜索查看

蛋白跨膜序列分析

kyte-Doolittle疏水性分析:每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域

蛋白质结构预测工具

PREDATOR:http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html

蛋白质二级结构预测工具

蛋白质糖基化位点的预测

http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html

这是个综合连接,包括:DictyOGlyc prediction server,NetOGlyc prediction server,YinOYang server,META II PredictProtein server,O-GLYCBASE,GlycoMod tool

蛋白质结构数据库

MMDB:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml

NCBI的蛋白质结构数据库,要使用Cn3D v4.1软件观看

PDB:http://www.rcsb.org/pdb/

Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer软件观看

蛋白质综合数据库

PIR:http://pir.georgetown.edu

Uniprot http://www.pir.uniprot.org

工具介绍

利用NCBI查询基因的组织表达谱

2020-8-22 0:20:59

工具介绍

如何权威的查询化合物的名称及其结构式

2020-8-23 21:13:19

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