如何用GraphPad软件做卡方检验(二)

上期我们讲了如何利用GraphPad软件做两个率(2×2列联表)的卡方检验,然而多数情况下,我们可能会设置多个实验组,那么本期小编就为大家讲解如何利用GraphPad软件做多个率的卡方检验。

我们还是举一个简单的例子(瞎举的例子,可能并不符合事实),为了评估A, B, C三种药物对某种疾病的治愈率,得到如下数据:

治愈 未治愈
A 199 7
B 164 18
C 118 26

 

1. 打开GrapgPad软件,依次点击Contingency, 柱状图,Create。

2. 按如下格式输入数据(3行×2列的列联表)。

3. 点击上图中的Analyze,如下图所示。点击Contingency table analyses前的+号,选择Chi-square (and Fisher’s exact) test,点击ok。

4. 如下图所示,这里出现了两个选项,即Chi-square test和Chi-square test for trend (Fisher’s exact test和Yates’ continuity corrected chi-square test只有2×2列联表时可用)。

其中,Chi-square test for trend的适用情况很局限,只有变量以自然顺序排列且等距排列时才有意义。比如,变量是年龄、剂量或者时间等。

5. 这里我们选择Chi-square test,点击OK,结果如下。

从结果可以得到,三者之间是具有显著性的。但是,具体是哪两个之间具有显著性是不知道的。想要知道某两个之间的差异,就要用到多重比较,也就是两两比较。

两两比较的方法多种多样,我们这里介绍一种相对比较简单的方法,那就是卡方分割法。此时,我们需要A和B比较,A和C比较,B和C比较。

但是需要注意的是,一般的显著性水平定义为0.05,多重比较时,需要重新定义显著性水平的临界值。

新P值的公式如下:

P’=0.05/{[k(k-1)/2]+1},k代表的是几个组。

实际上,如何重新定义显著性水平是有争议的,有的是0.05除以两两比较的次数,有的是0.05除以两两比较的次数加1(即上面的公式)。

6. 我们来比较一下A和B(2×2列联表的比较上期已经讲过)。

可以看到,P值为0.0120,是小于我们重新规定的P值0.0125,所以可以认为A和B之间有差异。

同理,我们可以用同样的方法比较A和C,以及B和C。

总结:多个率的卡方检验,如果需要两两比较,则需要重新定义显著性水平。

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