常见综合性肿瘤数据库总结

想研究肿瘤数据库,可不是只有TCGA、GEO能用。小编今天帮大家总结了一些没那么广为人知,但好用且仍在更新的癌症基因数据库。

以下数据库按照综合性肿瘤数据库、肿瘤基因组数据库、肿瘤转录组数据库进行分类,供大家选用。

综合性肿瘤数据库

TCGA(cancergenome.nih.gov/)即是综合性肿瘤数据库,关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。

小编这里给大家介绍一下其他的数据库。

1. COSMIC

网址:cancer.sanger.ac.uk/cos

COSMIC是世界上最大最全面的有关肿瘤的体细胞突变以及其影响的资源。主要提供多种肿瘤细胞基因组中的CNA、甲基化、基因融合、SNP及基因表达信息等。主页面分为项目、数据管理、工具、帮助、搜索框等几大块,简洁清晰。

2. UCSC Cancer Genomics Browser

网址:genome.ucsc.edu/index.h

UCSC Cancer Genomics Browser是一个整合、可视化、分析癌症基因组学和临床数据的网络分析工具。该平台目前共有355个数据集,包括了来自71870例样本的全基因组数据。

肿瘤基因数据库

3. ArrayMap

网址:arraymap.org/

ArrayMap是由苏黎世大学分子生命科学研究所构建的,提供预处理过的肿瘤基因组芯片数据以及CNA 图谱。arrayMap数据库为高分辨率致癌基因组CNA数据的meta分析和系统级数据集成提供了切入点。

4. Cancer Hotspots

网址:cancerhotspots.org/#

Cancer Hotspots数据库由Memorial Sloan Kettering癌症中心的Kravis分子肿瘤学中心维护,提供大规模癌症基因组学数据中发现的在统计学上有显著复发突变的信息。

 

 

5. OncoKB

网址:oncokb.org/#

OncoKB是由Memorial Sloan Kettering癌症中心(MSK)维护的全面的精准肿瘤学知识库,包含来自FDA,NCCN或ASCO,ClinicalTrials.gov和科学文献的专业指导方针和建议,治疗策略,肿瘤专家或肿瘤协会共识,参考文献等信息。

肿瘤转录组数据库

6. ArrayExpress

网址:ebi.ac.uk/arrayexpress/

ArrayExpress是欧洲生物信息协会(EMBL-EBI)下属的功能基因组数据库,收集整理基于芯片和测序的基因组学实验的数据,以支持可重复的研究。数据库目前已收集了71416次实验的46.89TB存档数据。

7. Oncomine

网址:oncomine.org/

Oncomine是大型的肿瘤基因芯片数据库,致力于收集、标准化并分析肿瘤样本的基因表达谱芯片数据。目前,Oncomine 已经收集了来自715 个数据集的86 733 个样本的基因表达数据,可用于分析基因表达差异、预测共表达基因等,并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类。

8. ICGC

网址:https://dcc.icgc.org/

ICGC全称是International Cancer Genome Consortium (国际癌症基因组联合体)。其旨在发起和协调大量的研究项目,其共同目标是全面阐明导致全球人类疾病负担的多种癌症中存在的基因组变化。

ICGC的主要目标是在全球范围内具有临床和社会重要性的50种不同癌症类型和/或亚型的肿瘤中生成全面的基因组异常(体细胞突变,基因异常表达,表观遗传修饰)目录数据,尽可能快地向整个研究团体提供数据,并且以最小的限制,加速研究癌症的成因和控制。ICGC促进了成员之间的沟通,并为广大科研人员提供了一个平台,达成治疗和预防这些疾病的最大化目标。

工具介绍

PubTator快速抓到Pubmed文献关键词

2020-8-25 22:40:42

工具介绍

肿瘤预后相关DNA甲基化数据库

2020-8-26 20:50:08

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