转录组数据-免疫微环境精品分析思路(二)

今天,我们继续来梳理一下“利用转录组数据来解析免疫微环境”的套路。今天的这篇文章选自于

Mandal R, Şenbabaoğlu Y, Desrichard A, et al. The head and neck cancer immune landscape and its immunotherapeutic implications[J]. JCI insight, 2016, 1(17).

思路导图(建议横向观看):

 

 

 

数据来源:作者从TCGA中下载了280例头颈鳞癌(HNSSC)的转录组数据。

一. 刻画头颈鳞癌的免疫微环境全景

1. 基于转录组数据计算肿瘤免疫细胞浸润的组分和比例,将患者分组:“Immne High”和“Immune Low“。

 

2. 通过免疫产物或效应子的表达,来验证免疫细胞浸润和免疫活性水平相关

验证指标:激活的T细胞释放分子(granzymes and perforin表达);cytolytic scoreIFN-r信号通路富集;CD8+/Treg ratio

 

 

二. 免疫浸润与临床特征的关联

吸烟与免疫浸润

1)吸烟signature与免疫活性负相关

基于突变特征预测出吸烟所占的贡献比重,该比重与T细胞浸润、免疫浸润、INF-r信号通路均负相关,说明吸烟与局部的免疫抑制相关。

 

 

2)吸烟signatureTumour Mutation Burden (TMB)正相关

吸烟相关的突变形成,会有更高的TMB。

 

HPV状态与免疫浸润

1) 免疫浸润水平:HPV+患者比HPV-有更高的T细胞浸润,更高的免疫细胞浸润。

 

 

2)免疫活性水平:HPV+患者有更高的活性免疫表达(perforin, granzyme A, granzyme B, cytolytic score)

 

 

3) 免疫调节水平:HPV+患者有更高PD-L1, CTLA-4, KIR表达。

 

 

三. 泛癌种的免疫landscape分析

1)泛癌种的免疫浸润分布

TCGA数据中,选取10个免疫浸润和免疫活性最高的癌种。将HNSCCHPV+),HNSCCHPV-)与其它癌种的免疫浸润得分比较。

 

 

2) 泛癌种的Treg浸润、Treg/CD8+T比例,CD56dim NK细胞浸润的分布。

发现:HPV+的肿瘤,有更高的免疫细胞浸润和更高的免疫调节抑制。

 

 

四.免疫浸润对HNSCC预后的提示

1.免疫浸润分层vs患者的预后,肿瘤免疫浸润更高的的患者有更高的OS

 

 

2.不同的免疫细胞亚群 vs 生存

1)参与宿主适应性免疫应答的免疫亚群浸润(如T cell),有更好的生存。

2)而参与固有免疫应答的会有较差的生存(如Th2)。

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