Cancer3D v2 :癌症突变的三维模式的互作分析

Cancer3D 2.0: interactive analysis of 3D patterns of cancer mutations in cancer subsets
Nucleic Acids Res
IF: 11.147
Published: 2015v2.0 2019
 
Cancer3D数据库是最早错义突变等基因组数据与包含这些突变的蛋白质的结构域和三维结构信息相结合的数据库之一,可以分析在患者临床数据中发现的和与患者临床数据相关的蛋白质结构中的癌症错义突变
你可以在这个数据库中为特定的子群体找到新的候选驱动区域,特别是在基因水平上进行类似的分析时找不到还能够对不同癌症类型和分期、不同性别和年龄、病人的种族中的突变分布进行可视化。
下面我们一起来了解一下吧!
1. 网址  http://www.cancer3d.org
2. 数据来源
Cancer3D突变数据来自CCLE和TCGA PanCancer,共有9,079个样本,1,457,702突变,32种癌型,18,425个蛋白质。使用最新的Pfam HMM模型匹配蛋白质域。使用Foldindex预测内在无序区域。使用BLAST来匹配数据库中所有基因的三维结构序列将突变的位置映射到蛋白质结构上。
3. 使用
(1) Search页面
输入基因或蛋白名称、Uniprot IDENSEMBL Gene / Protein ID用于搜索。或者从数据库中选择随机蛋白。

BRAF(致癌基因)为例分析蛋白突变,下图是主注释页面,缩放查看整体或局部详细信息。

突变直方图V600突变最频繁的点。
蓝色方框表示Pfam域,紫色方框表示PDB的位置。蛋白质的结构特征蓝色为无序区域,红色为折叠区域,绿色为交互区域。
选择单独的PDB文件以查看详细信息。例如,双击紫色框8 pdbs任意选择一个条目,打开3Dmol窗口,三维显示BRAF的激酶结构域。

3D结构可旋转,右上角保存图形、打开指定蛋白的PDBFlex数据库
将鼠标移动到突变直方图上,可以选择蛋白质序列上的特定位置,显示所选位置的突变频率和氨基酸。突变的详细信息在右侧的面板中,单击>
a.蛋白质信息

b.选中位置突变的癌症类型、性别比例、种族和年龄分布的直方图或饼状图

(鼠标移动至GV)显示突变的氨基酸的3D结构及打分。

与以前版本的Cancer3D数据库相比,这个主窗口是完全交互式的,用户可以打开几个3D窗口来比较。
c.自定义筛选,样本的其他信息同时显示在直方图上。(缩放,沿着蛋白质的长度滑动视图窗口)

 (2) eDriver算法

允许在单个结构域和内在无序区域的水平识别候选癌症驱动因素v 2.0扩展其应用于蛋白蛋白互作,提供对互作域和互作蛋白重要性的计算,并将其扩展蛋白质配体或蛋白质DNA相互作用或区域。

点击你想研究的癌型并输入基因,可选的筛选条件,点击运行算法。

显示候选癌症基因的驱动因素及打分(分值高的可信度高)。
(3) Tutorial
数据库提供的使用说明。
 
小编总结
Cancer3D数据库允许用户分析癌症突变的三维结构及其临床相关信息背景下的突变分布模式。如果你正好在研究种族、性别和年龄与多种癌症的进展和预后以及突变模式的相关性,快来看看Cancer3D数据库能为你提供哪些帮助呀!
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