转录组数据-免疫微环境精品分析思路(一)

科学研究中每篇文章都有其不同的核心思路,然而同一领域内不同文章的核心思路间总难免会有一些相似之处。在科研实践中,大家通过阅读文献对文章的分析思路进行借鉴和模仿最终目的是能够将文献精华自然地融入到自己的科研课题中。在此小编精心整理了“转录组数据解析免疫微环境”的精品分析思路分享给大家。让大家看得懂别人的“套路”,玩转自己的课题。

思路导图(建议横屏观看):

 

横屏结束

 

数据来源:作者从TCGA,METABRIC等大型队列数据库和已发表文献中收集了乳腺癌的表达数据,经过去重复后共计10,988例患者的表达数据纳入本研究中。

 

 

一. 系统分析了在不同临床特征下免疫浸润图谱。

比较不同临床、病理学特征下免疫浸润的特点,重点比较了ER阳性 vs ER 阴性(ER+ vs ER-)免疫浸润细胞的组分特征。

 

 

二. 不同分子亚型(ER+ vs ER-)的免疫细胞对患者复发风险评估。

1. 嗜酸性粒细胞(eosinophils)、单核细胞(monocytes)是ER+患者复发的保护因素。

2. ER阴性的患者中,CD8+ T细胞和激活型的记忆T细胞浸润丰度越高,患者的复发风险越低。

 

 

三. 关注不同分子亚型(ER+ vs ER-)的免疫细胞浸润对患者化疗敏感性的评估。

1. 记忆B细胞,单核细胞的浸润是ER+患者化疗敏感性的保护因素。

2. 辅助性T细胞的比例越高,患者更容易从新辅助治疗中获益。

 

 

 

四. 根据免疫浸润特点将患者分层。

 

 

    最后讨论ER+ vs ER-患者中每个cluster对生存的影响。

 

 

 

Ref: Ali H R, Chlon L, Pharoah P D P, et al. Patterns of immune infiltration in breast cancer and their clinical implications: a gene-expression-based retrospective study[J]. PLoS medicine, 2016, 13(12): e1002194.  SCI: 10.060.

“套路”已经懂了吧?那么怎么玩转自己的课题还是要动一番脑筋的,小编只能帮你到这了,感兴趣欢迎留言讨论。

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