CIBERSORT零代码分析免疫细胞浸润

CIBERSORT采用去卷积的算法,基于转录组数据,在混合的细胞中估算出免疫细胞的组成和丰度。

我们先来膜拜一下由斯坦福大学团队开发的在线工具CIBERSORT,这篇文章于2015年发表在Nature Methods上,至今已被引用了700+次,网址为:https://cibersort.stanford.edu/。小编为大家整理了具体的使用方法和注意事项。

Step1. 注册与登陆

进入到网页后,需要注册或登陆。CIBERSORT致力于为科研事业提供免费服务,仅支持持有校园邮箱的用户。

 

注意:必须使用教育邮箱来注册和登陆。

Step2. 数据准备

需要准备一个表达谱文件,行为基因ID,列为样本名。如下所示:

注意:文件中不可有缺失值;不可有双引号;不要经过log转化。

Step3. 上传数据

点击菜单栏中的Menu,选择Upload Files。

 

之后跳转到如下界面,首先点击“Add files”,选择表达谱矩阵;再点击“Start Upload”开始上传文件。

 

注意:CIBERSORT为每名注册用户提供了500Mb的空间来存储数据和结果,若超过这个限制,数据则无法上传至服务器进行分析。

Step4.运行CIRBERSORT

数据上传完毕后,点击MenuRun CIEBERSORT。

 

 

跳到最关键的一步,配置一下CIBERSORT的运行参数,配置完毕后点击最下面的“run”开始运行。

 

 

运行的时候需要一段时间,可以将网页关闭,过段时间来收获结果。

 

 

Step5. 查询结果

结果在这里等待大家。MenuJob Results.

 

 

所有运行过的结果都在这里,快打开看看吧。

 

 

CIBERSORT的使用学习完了,再来看看你那些压箱底的转录组数据、还有数据库中的转录组数据,有没有觉得遍地都是宝藏,还不快拿出来遛一遛?

Ref: Newman A M, Liu C L, Green M R, et al. Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles[J]. Nature methods, 2015, 12(5): 453.

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