MapQTL软件使用指南

之前跟大家分享过QTL IciMapping软件,今天给大家分享一下另外一款常用的QTL定位软件MapQTL,小编测试的是版本5,现在最高版本是MapQTL6。

第一步:文件格式检查

Loc文件和Map文件格式以highMap软件排图得到的文件格式即可,具体如下:

1、*.loc文件格式,标签的基因型文件,包括两部分:数据统计部分和标签基因型部分。

1)数据统计部分:

nloc :标签总数(必须准确填写);

name:物种名称;

popt:群体类型,填写格式如:CP、F2、DH、Ri8等;

nind:群体子代个体数(必须准确填写)。

2)标签基因型部分:

每个标签自左向右为:标签名和标签在各个子代个体中的基因型。

不同群体的编写格式不同,具体举例如下:

(1)F2、Ril群体编写格式如下

(2)DH群体编写格式如下(与F2群体的不同,DH群体需要一列连锁相):

(3)CP群体编写格式如下(与F2群体不同,CP群体需要一列基因型和一列连锁相):

2、*.map文件格式,标签在连锁群上的顺序和位置文件,包括两部分:连锁群编号和标签的位置信息,具体格式如下:

3、*.qua文件格式,群体的性状信息文件,包括两部分:数据统计部分和性状信息部分。

1)数据统计部分:

ntrt:性状总数(必须准确填写);

nind:群体个体数(必须准确填写);

miss:代表此处个体的性状数据缺失。

2)性状信息部分:第4行为性状名称;自第5行以下各行为每个个体的性状数值,自上而下的个体编号顺序与*.loc文件中每个标签的横向自左向右个体编号顺序一致。

 

第二步:MapQTL软件操作

1、 打开mapQTL软件,界面如下:

2、新建工程,操作如下:

a、点击File -> New Project

b、输入新工程的名称(即最终结果文件的文件夹名)

建完工程页面如下:

3、插入文件:

a、在左边框选择Population 窗口。然后点击File ->load data(快捷键F4或点击红色箭头)选择插入文件:

b、先选择*.qua性状文件

c、对*.qua性状文件目录命名:

 

d、*.qua文件插入后页面显示如下:

e、同样在Populations目录下,插入*.loc文件,插入文件时的目录命名与插入*.qua时的目录名必须完全相同。插入*.loc文件后的页面显示如下:

f、将Populations目录更改为Maps目录,插入*.Map文件,插入后的文件页面显示见下图,对显示区的信息进行核对,包括个体数、标签数、性状数、染色体数等。

4、QTL定位:

a、右键选中需要定位的群体信息和连锁群map信息(当所有文件均标红即选中)

b、选择QTL定位需要所用的算法,一般选择IM(Interval Mapping)算法,然后点击图标即可运行。运行结束后,再选择PT(permutation test)算法,点击,进行检验筛选阈值,这一步时间较长。

 

第三步:拷贝QTL定位结果文件

最终定位得到的结果所在文件夹名与新建工程时命名相同,后缀为*.mqd。将文件夹中后缀为.MQO的文件拷贝出来,将其中包含(IM)和(PT)的文件分开存放。

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