Perl版Circos-绘图篇-highlight绘图

配置文件、结构和绘图文件基础在前几期的分享中已经分享了,今天小编从highlight开始分享绘图block的内容。

Highlight是对某一区段进行高亮显示的一个图形绘制block。可以应用在显著基因突变、QTL、CNV、超高甲基化或表达差异基因等区域。

从上期分享的示意图我们可以看出,highlights block是可有多个highlight组成,每个block是并列关系,可以设置不同的track来表示不同的内容。下边让大家来看看具体block图:

从图中可以很明显的看到这个”<highlights> </highlights>”来定义highlights block,这与其他的绘图block定义是相似的,只不过是换关键词而已,如定义links 就声明”<links> </links>”这样的block即可。在这个block中会有一个或多个<highlight> </highlight>”来声明每个highlight的位置、填充颜色以及边框粗细、颜色的信息。

1、全局:图中(1)(2)为<highlights> </highlights>”设置的全局变量,当每个<highlight> </highlight>内部没有设置的时候这个全局变量起作用。与Perl 编程的全局和局部变量是一样的。

(1)代表高亮z-depth的优先级,值越大表示优先级越高。

(2)是填充颜色的设置。

2、局部:(3)~(8)是各个<highlight> </highlight>内部设置的变量。

(3)file是想高亮展示的位置区段文件,格式如图:

 

(4)r0代表高亮环形内圈的值。

(5)r1代表高亮环形外圈的值。

(6)fill_color代表区域填充的颜色。

(7)stroke_color代表边框的颜色。

(8)stroke_thickness代表边框的粗细。

最终呈现的效果如图:

 

 

结合图来看,0.6r~1.0r-100p这个位置的填充的颜色是全局变量(2)fill_color=green来填充的。0.7r~0.7r+100p这个位置的填充颜色是红色,因为在内部设置的fill_color=red ,并且优先级z=5,高于全局变量z=0,因此这个高亮显示red是浮于green之上。

1.1r~1.15r在染色体的外部区域进行高亮blue显示,对颜色和边框都进行了设置。

 

除了利用r0和r1来对highlight进行位置设置外,还可以通过ideogram  = yes在ideogram上设置高亮区域。如下图所示:

 

 

Highlight为了丰富作图色彩,图形文件还可以在数据中进行区域颜色定义,也就是前文提到的optional列,加入fill_color进行颜色填充。

 

 

不仅是填充颜色,通过设置r0和r1来调整环形区域块的大小以及优先权(Z)来增加图形的多样性也是很不错的,例如可以进行如下设置:

 

 

绘图示意图如下:

 

 

Highlight的绘图今天就介绍到这,如有疑问,欢迎后台留言讨论。

统计与绘图

主成分分析3D绘图-pca3D

2020-8-28 4:50:40

统计与绘图

CMplot惊艳绘图

2020-8-28 4:58:30

加入Q群
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
今日签到
有新私信 私信列表
搜索