Perl版Circos-绘图篇-line plot绘图

上文介绍了scatter plot绘图,相信大家对plot模块有了一定的了解。今天小编将介绍line plot 的绘图内容。

line的使用比较简单,首先大家来看看具体block图:

从图中可以很明显的看到这个”<plots> </plots>”来定义 block,这与其他的绘图block定义是相似的,只不过是换关键词而已,并且plot中通过“type”可以定义绘图模式。在这个block中会有一个或多个<plot> </plot>”来声明每个plot的模式类型(type)、位置(r0,r1)、填充颜色(color)的信息。

(1)type是绘制类型的选择,包括scatter, line, histogram, heatmap等,在此处是全局变量。

(2)thickness 设置线的粗细,同(1)一样是全局变量。

(3)max_gap 表示两个点之间最大的距离,当大于这个距离的时候不会用直线进行连接,如下图中的gap。

 

(4)file是展示的位置区段文件,第四列可以是SNP、Indel、GC含量以及比对read数量或密度,格式如图:

 

(5)color 是对线条进行颜色设置。

(6)min代表绘制散点的最小值,同样的低于最小值也不会绘制出来。

(7)max代表绘制散点的最大值,超过最大值将不会绘制出来。

(8)r0代表环形内圈的值。

(9)r1代表环形外圈的值。

(10)fill_color设置折现下方的填充颜色。

(11)orientation 表示线的正反,一般是默认背离圆心orientation=out,此时y=0位于r0上;反之,orientation=in,此时y=0位于r1上。

此外,与scatter 一样line block中也可以插入不同的backgroud,axis和rule等block来控制背景、坐标轴和显示图形的规则。在scatter中已经介绍过了,在此就不重复了。

上期介绍axis的时候是通过spacing 来定义同等间距轴线,今天line绘图中介绍axis的新方法,如下代码所示:

<axes><axis>color     = lgreenthickness = 2position  = 0.01</axis><axis>color     = vlgreenthickness = 2position  = 0.008</axis><axis>color     = vlgreenthickness = 2position  = 0.006</axis><axis>color     = redthickness = 2position  = 0.002</axis></axes>

此代码通过position定义了四个位置的轴线,并分别设置不同的颜色。这个与spacing定义等距均匀的轴线是不同的。

最终呈现的示意图如下:

 

 

到这稍稍总结一下:line主要有max_gap,fill_color,orientation是line特殊的设置,与rule结合运用会增加线图丰富性,增加观感!

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