Perl版Circos:绘图篇-link绘图

上期和大家分享了highlight高亮基因组区段的block,我们对于绘图也有了基本的理解。今天和大家分享link block。link是对于有某种关联的区段进行绘图的一种形式,比如基因复制事件、SV以及QTL关联区域等。

link 用法是”<links> </links>”,也是可以有很多个link,具体示意如下:

在这个block中会有一个或多个”<link> </link>”来声明每个link的位置、填充颜色以及边框粗细、颜色的信息。

1、全局:图中(1)~(5)为”<links> </links>”设置的全局变量。

(1)代表link线z-depth的优先级,值越大表示优先级越高。

(2)代表link两端的所在的位置。

示意图如下:

 

 

(3)、(4)和(5)是调节link曲线曲度的三个参数。

bezier_radius: 是调节贝塞尔曲线的控制点的位置,具体见图:

 

 

 

crest是增加2个控制位点来控制曲度,具体示意如下:

 

 

 

bezier_radius_purity控制P2轨迹来控制,具体如示意图:

 

 

 

2、局部: (6)、(7)和(8)分别是填充颜色、边框粗细和绘图文件局部变量。

 

link曲线还有还有ribbon这种类型,设置如下:

<link>...ribbon =yes...</links>

即在block中加入”ribbon =yes”能改变link的连接类型,link ribbon 类型示意如下:

 

 

 

以上就是link的基本用法,常调整的参数为颜色、双端位置和link的连接类型(normal和ribbon)。normal类型适合link区段数目较多,且区域较小的情况,而ribbon适合区段少,且区段较大的数据类型,因此选择合适的连接类型也是美观作图的关键。

统计与绘图

ROC曲线介绍和两种R语言ROC绘图方法

2020-8-27 23:59:46

统计与绘图

Perl版Circos:绘图篇-scatter plot绘图

2020-8-28 0:34:49

加入Q群
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
今日签到
有新私信 私信列表
搜索