Perl版Circos-基础篇-colors、fonts和patterns的配置

上次和大家分享了简单的ideogram.conf和ticks.conf配置文件的绘图,再进行下简单的回顾,主要是circos.conf文件,具体如下图:

从图中我们可以看到,即便进行一个简单的核型绘制仍需要调用5个conf,这是最基本的conf构成,作图的时候是不可缺少的。今天将给小伙伴们分享下,另外一个配置文件colors_fonts_patterns.conf。

这个配置文件是三个配置文件的整合。colors_fonts_patterns.conf 内容如下:

在conf的使用中是可以进行配置文件搭配组合使用的,这就像“乐高”可以随意组合。当然了最好要符合简单、易操作和方便记忆为原则来进行搭配组合,一般采用circos 这种默认colors_fonts_patterns.conf即可。

下边来详细说说这三个配置文件:

(一)colors.conf

这个文件路径在circos安装目录的etc/colors.conf,如我的文件路径是在/opt/circos/circos-0.69-6/etc/colors.conf。

这个文件可以采用RGB、LCH和HSV定义颜色,具体格式如下:

同时,这个文件中定义了一些基本色,如blue,purple,red和green 设计了一些颜色梯度方便用户调用。例如下边的blue颜色预定义:

v代表very,l代表light,d代表dark,p代表pure。由这些字母简称+颜色的模式就构成了不同梯度的颜色。

此外,colors.conf 中还调用了colors_brewer.conf ,colors_hsv.conf和colors_ucsc.conf颜色定义配置文件。

(1)colors_brewer.conf 定义了一系列的颜色组合,其定义格式palette-num-type-idx。palette代表颜色组合的名字;num代表这个组合中含有的颜色数目;type代表染色组合的类型,包括seq,qual和div。idx代表这个组合的第几个颜色,取值从1到num。具体的颜色展示图如下:

(2)colors_hsv.conf 这个是用hsv预定义配色的配置文件,文件如下:

(3)colors_ucsc.conf 定义人类参考基因组的染色体和核型颜色,文件如下:

此外,colors.conf是可以自定义颜色并保存在colors.conf文件中的,不过不建议这么做,除非你长期使用某些颜色。此外在circos.conf 文件中绘图文件conf是可以进行颜色修改的,很方便。

(二) fonts.conf

在circos中,fonts也是可以进行更改的,这里简单介绍一下/opt/circos/circos-0.69-6/etc/fonts.conf文件,打开文件能看到如下格式的字体定义:

“=”前边是字体名字,后边是字体对应的文件路径。如果需要添加字体,需要两个步骤:(1)在circos-0.69-6/fonts文件路径下添加字体文件,如fonts/modern/cmunbmr.ttf。(2)circos-0.69-6/etc/fonts.conf文件中按上图格式添加。

内置字体部分截图如下:

 

(三)patterns.conf

patterns.conf 是对circos图片形状填充的配置文件,具体内容如下:

各填充类型所对应的具体形状如下:

 

 

在circos中通过pattern来进行设置,通过颜色和形状的填充能够丰富circos图形。

好了,小伙伴们,今天circos的分享就到这里,有些内容我也是边学习边分享,收获还是挺大的,以前没用到的地方也都补习了一遍,希望对大家有用。

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