Perl版Circos-基础篇-图形文件结构和文件格式

circos配置文件circos.conf 在以往的分享文章中已经介绍了四个,第五个housekeeping.conf是circos.conf必要的配置文件,不需要更改,直接调用即可。因此今天给大家介绍一下图形文件的结构和文件格式。

首先介绍一下图形block的三大模块:links,highlights和plots。

具体的block结构如下图所示:

link 文件格式

link在作图中可以用来表示基因的复制事件、结构变异的异位和基因组共线性区段等。link的图形格式有两种:

(1)单行模式:前三列代表position 1,后三列代表position 2。

(2)双行模式:每两行通过共同的区段名字来关联(每行的第一列,每行的后三列代表position)。

具体的格式如下图:

highlight  tile  connection文件格式

highlight 意味着高亮某一区域,因此应用还是比较多的这一种表现形式,如显著突变位点、CNV、QTL区域等。

highlight 示意图

tile是对有交叠的区域数据的有效展示,如基因、外显子、复制事件、read 覆盖等生物学数据的分层展示。

tile示意图:

 

connection 可以表现多倍体染色体、不同物种染色体以及同物种物理图谱和遗传图谱的共线性。

connection 示意图

 

heatmap,scatter,line,histogram 格式

这四种文件格式数据是position(前三列)+value(第四列)的模式,heatmap会对不同大小的值进行颜色赋值,可表现基因、SNP和INDEL密度CG含量等信息。

heatmap,scatter,line,histogram示意图

 

 

text文件格式

text与上边的区段内的值不同,其不是展现区段内数量或密度的大小,而是会将区段的名称展现出来,表现更加直观。

text示意图:

今天主要给大家介绍了图形文件的结构和格式,这是circos绘图的文件基础。总结起来就是position模式,position+value模式,position+text模式,position1+position2模式。在以后绘图中还会用到对个别图形区域加入optional来特别定义,在以后的绘图实践中在介绍。

统计与绘图

Perl版Circos-基础篇-核型和刻度、标签的绘制

2020-8-28 0:35:53

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相关性图

2020-8-28 0:40:22

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