绘制序列标识图-gglogo

今天向大家介绍一个绘制序列标识图的方法,这样更直观的展示测序数据的情况,让我们的数据更容易分析,gglogo是基于ggplot2绘制的。

一、gglogo

install.packages("gglogo")library(gglogo)data(sequences)  #加载sequences数据,是肽序列数据,是数据框格式

1.例一

ggplot(data = ggfortify(sequences, "peptide")) +      ##这一步很重要,ggfortif 将数据转换成绘制logo plots的格式,对sequences数据进行一个统计,下图展示数据情况  geom_logo(aes(x = position, y = bits, group = element,#x是以position数据绘制横轴,y是以bits数据绘制纵轴,group是分组               label = element, fill = interaction(Polarity, Water)),#label是标签,fill是填充颜色的分组              alpha = 0.6)  +#alpha是柱状图透明度  scale_fill_brewer(palette = "Paired") +     #颜色  theme(legend.position = "bottom")     #图例位置

2.例

ggplot(data = ggfortify(sequences, "peptide", treatment = "class")) +  geom_logo(aes(x=class, y=bits, group=element,                label=element, fill=element)) +                  #根据element填充颜色  facet_wrap(~position, ncol=18) +    #根据position分面,成18列分布  theme(legend.position = "bottom")

 

3.例

ggplot(data = ggfortify(sequences, "peptide", treatment = "class")) +  geom_logo(aes(x=position, y=bits, group=element, label=element, fill=element)) +  facet_wrap(~class, ncol=1) +  #根据class分面,成一  theme_bw()  #theme_bw 去掉背景色

 

 

4.例

ggplot(data = ggfortify(sequences, "peptide", treatment = "class")) +  geom_logo(aes(x=class, y=bits, group=element,                label=element, fill=interaction(Polarity, Water))) +  scale_fill_brewer("Amino-acids properties", palette="Paired") +  facet_wrap(~position, ncol=18) +  theme(legend.position="bottom") +  xlab("") + ylab("Shannon information in bits")  #xlab,ylab修改坐标轴名称

 

 

二、logo

用logo绘制简单的序列标志图

library(RColorBrewer)cols <- rep(brewer.pal(12, name="Paired"),22)logo(sequences$peptide) + aes(fill=element) + scale_fill_manual(values=cols)

 

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