基因家族“套路分析”

Hello,各位小伙伴,大家都知道基因家族分析是低投入和高回报的一种课题,小编近期也接到了一些小伙伴私信我基因家族分析的问题,因此小编读了一些基因家族分析的文章,今天和大家分享一下。

这篇文章是2016年发表在scientific Reports上的文章。主要做了carrot WRKY 家族的进化分析。

下边就来看看这篇文章的主要分析内容:

文章标题

 

文章摘要

 

主要的分析内容

 

1、利用HMMER and BLAST通过PF03106搜索D. carota genome确定包含WRKY domain的95个WRKY基因家族序列。

 

 

2、在构建系统发生树时加入了拟南芥WRKY基因家族基因,利用两个物种WRKY保守域进化树分析得到了三个group亚组。

 

3、利用PlantCARE对WRKY家族基因进行cis-regulatory元件分析绘图。

 

 

4、基因家族中系统发生树、exon-intron结构以及motif分析绘制了一张图。

 

5、亚细胞定位表明DcWRKY45, DcWRKY11和DcWRKY80 定位到核内。

 

 

6、构建多物种WRKY家族系统发生树。

 

 

7、WRKY基因家族蛋白互作网络分析。

 

 

此外,本文作者还对WRKY家族同源基因,并对根部发育期和胁迫状态下的WRKY表达模式进行了分析。

这篇文章亮点简单总结一下:

首先,这篇文章不仅对胡萝卜全基因组的WRKY基因家族进行了搜索,而且对多物种WRKY进行了进化树分析,文章之前进报道过2个物种;

其次,文章对多同源基因、家族基因蛋白互作进行了系统分析;

最后,文章对WRKY基因表达和细胞定位。文章整体分析内容丰富,能发到SR,一般的分析内容也能达到2-3分的文章水平,相对来讲,分析思路简单,分析也并不复杂,小伙伴们觉得呢?

如果你也想拥有一篇基因家族分析的文章,欢迎后台留言或加小编微信。

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