ImmPort:免疫相关数据资源

ImmPort项目是收集、整理、共享免疫学相关研究的资源,由为不同的生命科学研究者社区提供科学数据的归档和交换方面的先进信息技术支持,并作为研究和临床数据的长期、可持续的归档。ImmPort的核心组件是一个广泛的数据仓库,其中包含实验数据和描述研究目的和数据生成方法的元数据。
数据库简介
The Immunology Database and Analysis Portal (ImmPort)是由美国国立卫生研究院(National Institutes of Health,NIH)、美国过敏症和传染病研究所(National Institute of Allergy and Infectious Diseases,NIAID)和过敏、免疫和移植部(Division of Allergy, Immunology, and Transplantation,DAIT)共同开发的。

ImmPort是加州大学旧金山分校、斯坦福大学、布法罗大学、以色列理工学院和诺斯罗普·格鲁曼公司的研究人员的合作项目。项目的目标是:①为研究数据共享提供开放存取平台。②创造一个综合的环境,扩大科学数据的有用性,推进假设驱动和假设生成的研究。③加速科学发现,同时扩大免疫学研究所有领域的科学数据的价值。④促进重要发现的快速可用性,使新的发现可供研究界进一步分析和解释。⑤提供分析工具,以推进基础和临床免疫学的研究

在NIAID/DAIT的支持下,ImmPort项目为不同的生命科学研究者社区提供科学数据的归档和交换方面的先进信息技术支持,并作为研究和临床数据的长期、可持续的归档。ImmPort的核心组件是一个广泛的数据仓库,其中包含实验数据和描述研究目的和数据生成方法的元数据。在BISC项目的整个生命周期中,ImmPort的功能将不断扩展,以适应不断扩大的研究社区的需要。注册后,任何研究人员都可以使用在ImmPort共享的研究和临床数据以及分析工具

私人数据和预发布数据存储在位于NIAID的ImmPort网站的研究人员的私人工作区中,网址为http://immport.niaid.nih.gov。一旦共享,研究可以在共享数据网站www.immport.org上进行搜索。

数据使用
01
数据库首页

https://www.immport.org/home

ImmPort系统由四种应用组成:Private Data(私有数据)、Shared Data(共享数据)、Data Analysis(数据分析)和Resources(资源)。Private Data是数据获取和管理的站点,Shared Data支持数据的搜索和分布,Data Analysis为主要集中于流式细胞术结果的开源数据管理和分析工具提供图形界面,而Resources提供了高级数据分析工具、教程和文档。下面这个示意图展示了数据捕获、数据管理和不同实体对ImmPort研究的二次使用的步骤。

 

02
Private Data 私有数据

这部分显示了该数据库收录和整理的私有研究数据信息,是由数据提供者控制访问权限,然后通过Shared Data应用发布供开放访问。

 

03
Shared Data 共享数据
目前,ImmPort项目提供了多项关于过敏、移植和疫苗反应的研究数据集,这些研究采用了大量的临床和机理分析方法。截止到2020年7月31日,ImmPort数据第35版发布了13项新研究和2项更新的研究,其中增加了很多数据集。https://www.immport.org/shared/releaseNotes?version=DR35 这里是这些研究的介绍。

1. 数据浏览

截止小编撰稿,这里一共提供435个研究数据的检索和下载。

(1)检索数据下载

点击第一个数据

 

2该数据的下载

①需要启用Aspera下载

②登录或注册用户

 

 ③下载

选择下载文件后就可以啦

2全部数据下载

 

 

04
Data Analysis

小编点进去是这样的,不知道怎么回事….

 

05
Resources 资源

这里提供了一些与ImmPort的联盟合作,促进参与实验室之间的数据管理和共享。也一些教程,相关的参考数据集,数据挖掘和分析工具,以探索ImmPort数据模型和分析其内容。

如①Gene Lists提供了免疫基因列表

②ImmuneRegulation 识别感兴趣的免疫系统基因的调节因子

③Immcantation framework 为高通量B细胞和T细胞受体序列测序(AIRR-Seq)数据集提供从头到尾的分析系统

④10K Immunome Project 是一个人类免疫学的参考数据集,从NIAID ImmPort数据库的超过10,000 control subjects衍生

小编总结

ImmPort是免疫分析必不可少的数据资源,对我们来讲比较重要的一方面是提供的公共数据,另一方面是Resources部分提供的各种相关的工具和资源,由于篇幅有限这些就不详细介绍了,大家有时间可以去浏览了解,一定会有收获的哦!

引用:

Bhattacharya S, Dunn P, Thomas CG, et al. ImmPort, toward repurposing of open access immunological assay data for translational and clinical research. Sci Data. 2018;5:180015. Published 2018 Feb 27. doi:10.1038/sdata.2018.15

工具介绍

ChiTaRS 5.0:嵌合RNA转录本+靶向药物+3D染色质图谱数据库

2020-8-28 1:16:40

工具介绍

HPA数据库介绍

2020-8-28 4:17:55

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