Perl版Circos-基础篇-安装

circos对于小伙伴们应该都不会陌生,现在应用场景非常的广泛。小编在工作的时候也为了做出惊艳的circos曾大伤脑筋。为了能够让小伙伴们不再做重复性的基础工作,小编系统的整理分享perlcircos 的安装、配置和使用。perl 版本的circos 是Martin Krzywinski在2009年发表在Genome Research 上的一篇题为“Circos: An information aesthetic for comparative genomics”开发的软件。从发表到今天(2019/05/03)引用次数竟高达4296次。很多作图都是非常好看,甚至让人惊艳的。下边小编从官网转过来一些,请大家鉴赏。

看过后是否很想自己试一试呢?那么从今天开始我将详细的来分享circos。一步步和我学习起来吧!

circos 是perl语言编写的,没有perl编程基础的小伙伴也不用担心难学,这个circos软件包安装、文件配置以及使用都不复杂。只要你想学相信不久后大家都可以画出惊艳的circos图。

今天给大家详细说说安装和调试。

(一)安装前先检查下系统是否安装了perl。

在终端输入perl –version,如果出现:

证明系统中已经安装了perl。一般Linux系统会有安装好的perl,即便没有安装,安装起来也不复杂,在这里不另行赘述,另外安装circos之前要安装CPAN,因为这个是perl 模块的库,当然了circos 依赖的模块基本也在其中,安装CPAN方便安装perl 的模块。

(二)CPAN 安装。

(1)检查是否安装。

终端输入:rpm -q perl-CPAN

如果安装成功终端会显示:

perl-CPAN-1.9402-116.fc13.i686

如果没安装终端会显示:

package perl-CPAN is not installed

(2)CPAN安装。

终端输入: yum install perl-CPAN

(3)再次核查是否安装:

终端输入:rpm -q perl-CPAN

终端显示:perl-CPAN-1.9800-292.el7.noarch

CPAN安装成功

(三)circos的安装。

(1)打开circos官网shttp://circos.ca/ 。

(2)点击DOWNLOAD。

(3)进入下载页面后,下载最新版本即可。

1、直接下载后上传至终端,如“/opt/circos/”路径下;

2、或使用命令行 wget  http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz 在“/opt/circos/”下下载;

(4)下载完成后在,“/opt/circos/”路径在对压缩文件进行解压缩。

tar -xzvf circos-0.69-6.tgz

(5)解压缩完成后进入到circos的bin目录下。

cd  /opt/circos/circos-0.69-6/bin

(6)查看circos运行所必须的模块。

circos -modules

(7)屏幕出现下图中的内容:

图中红框框起来的“missing”是提示circos 缺少的Perl模块,需要安装通过CPAN来安装。

(8) CPAN安装circos模块:

1、在终端输入安装模块:

perl -MCPAN -e shell

2、在终端直接输入命令:

perl -MCPAN  -e “SVG”

将所有需要的Perl模块安装成功后再次check,屏幕输入circos -modules后显示如下:

这时显示circos需要用到的perl模块已经全部安装完成,可以使用circos(注:有些circos 依赖的模块在CPAN中也没有安装成功,需要自己下载相应模块安装。本文安装使用的是管理员权限)。

模块安装成功后,让我们测试一下吧!

进入“/opt/circos/circos-0.69-6/example”路径下:

cd  /opt/circos/circos-0.69-6/example

进入后运行命令:

/opt/circos/circos-0.69-6/bin/circos -conf etc/circos.conf -debug_group summary,timer > run.out

 

炫酷的图片出来了,意味着circos已经安装成功了。好了,今天的circos安装到此已经结束,敬请期待下期的配置文件分享。

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