ChiTaRS 5.0:嵌合RNA转录本+靶向药物+3D染色质图谱数据库

导语

当来自两个基因的外显子融合在一起时,会形成嵌合RNA转录本(Chimeric RNA transcripts),通常是由于染色体易位、转录错误或转剪接效应产生的。虽然这些嵌合RNA只在某些情况下产生功能蛋白,但它们在疾病表型和进展中发挥重要作用。
数据库简介
ChiTaRS 5.0 (http://chitars.md.biu.ac.il/)是最新和最全面的嵌合转录本数据库库,有来自8个物种的111 582条注释条目,其中包括23 167个已知的人类癌症断点(breakpoints)。该数据库包含与嵌合断点相关的3D染色质接触图谱,这些接触图是由染色体构象捕获技术(Hi–C)的生成的。

在最近更新的数据中,添加了与嵌合断点匹配的可用药融合靶点的信息,这些信息适用于癌症的精准治疗。利用文本挖掘技术,ChiTaRS中展示阿尔茨海默病、精神分裂症、失读症等其他疾病的新嵌合体。新的版本收录多个物种的嵌合体,它扩展了我们对真核生物嵌合转录本进化的理解,并有助于分析三维基因组构象变化和嵌合体在癌症和其他复杂疾病的发病机制中的功能作用。

具体介绍
1.首页

ChiTaRS-5.0包括(66,243 + 41,584 + 3,052 + 19 + 67 + 20 + 292 + 305)= 111,582个嵌合转录本数据,涉及物种有人、小鼠、果蝇、大鼠、斑马鱼、牛、猪和酵母。在当前版本中扩展了实验数据证据,包括了通过RT-PCR,qPCR,RNA测序和质谱肽实验确定的同一基因的新型同义反义的嵌合转录本。此外收集了23,167个人类癌症断裂点,其中嵌合RNA的表达水平已通过人,小鼠和果蝇不同组织中的配对末端RNA测序实验证实。

GenBank的EST和mRNA已用于鉴定两个或多个不同基因的嵌合RNA。通过RNA测序分析成千上万的嵌合EST,发现嵌合EST的表达水平通常较低,并且在正常细胞中具有很高的组织特异性。

2.FULL COLLECTION & SEARCH

下图向大家介绍搜索页面的主要参数

举例第一个条目:

(1)基因可视化:

(2)注释信息:

(3)蛋白质互作网络:

3.BREAKPOINTS & DRUGGABLE FUSIONS

这部分可检索药物靶向融合基因相关信息

药靶信息:

4.CELL LINE FUSIONS

细胞系中融合基因数据

细胞系相关信息,涉及到细胞系所属物种,疾病,可用于的组学研究。

5.COMPARE & ANALYZE

这个页面可以检索不同物种中相似的嵌合物

6.JUNCTION SEARCH

使用DNA序列查询嵌合物连接点

根据基因序列查询

      7.DOWNLOADS

数据下载页面:

小编总结

基因组中嵌合体和它们在肿瘤发生中发挥作用有直接联系,该数据库提供了嵌合物详细的基因组信息,还可以直接检索相关的蛋白质互作网络,所以对于我们的研究,可以从基因分析到蛋白质互作的机制分析,并且还涉及嵌合物用药数据,可预测用药。

引用:Balamurali D, Gorohovski A, Detroja R, Palande V, Raviv-Shay D, Frenkel-Morgenstern M. ChiTaRS 5.0: the comprehensive database of chimeric transcripts matched with druggable fusions and 3D chromatin maps. Nucleic Acids Res. 2020;48(D1):D825–D834. doi:10.1093/nar/gkz1025
工具介绍

BioGrid:满足所有各种互作关系数据需求的数据库

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2020-8-28 1:17:53

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