HPA数据库介绍

HPA是一个集 组织图谱、细胞图谱、病理图谱、大脑图谱、血液图谱、代谢图谱 为一体的数据资源,小编不允许你错过这个资源宝库!

HPA数据库介绍

Human Protein Atlas 数据库,目前收录了超过26000种抗体,所有结果均有免疫组化染色,并经过专业人员的确认。准确度高,可信度强,而且还免费,是数据挖掘的必备神器。

网址为:http://www.proteinatlas.org/,包括六大板块:

 

基本介绍

直接在搜索栏中输入感兴趣的基因名字,如:EGFR点击search,就进入如下界面:

 

 

六大板块介绍
01
点击TISSUE,进入到组织图谱

点击右上角的”组织”,会跳到EGFR的基因的基本信息页。其中‘原始数据’主要是不同组织的免疫组化染色,点击后可以看到免疫组化的切片:

 

 

也可以看到该基因的RNA和蛋白在不同组织种的表达情况(左侧代表RNA,右侧代表蛋白)。

 

 

再次点击右侧的切片后,可获得相应的免疫组化切片,该切片可以放大。这里以肝脏为例,点击liver后,可弹出如下界面:

 

02
点击CELL, 进入到细胞图谱
点击‘细胞’后,进入到如下界面:

 

在这里,我们可以看到感兴趣基因在细胞的定位,HPA数据库提供了RNA表达,细胞免疫荧光结果以及siRNA结果

 

RNA表达:主要是不同细胞间该基因的表达差异,有助于选择敲低和过表达细胞系。

 

 

免疫荧光细胞:主要是不同细胞系的免疫荧光染色,它可以告诉我们基因表达的空间位置以及表达强度。

 

 

siRNA部分:会给出RNA敲低后的表达水平,弥补了生信分析时缺乏湿实验验证的缺陷。

 

 

 

03
点击PATHOLOGY,进入到病理图谱
点击右上角的“病理”后进入该页面:

 

不仅有基因的描述,还有生存曲线,旁边对应的是患病不同时期的生存时间。除此之外,还有该基因在TCGA不同肿瘤的表达情况。

 

你还可以在这里了解到不同组织病理切片的表达

 

04
点击BRAIN,进入到大脑图谱

HPA目前整合了3个物种(人类、猪、老鼠),提供了大脑不同区域的转录组RNA表达、蛋白表达,蛋白亚细胞定位、免疫组化、免疫荧光切片等结果。

 

 

仍然以EGFR为例,该基因在人类不同数据库的不同脑组织中表达情况。

 

05
点击BLOOD,进入到血液图谱

免疫细胞是通过血液在身体的各个部位传输,了解血液中的免疫细胞有助于对肿瘤免疫治疗的理解,另外,也有助于我们对血液系统疾病的研究。

 

 

HPA收录了18种血细胞的RNA表达信息,包括B细胞、T细胞、NK细胞、单核细胞、粒细胞、树突状细胞等,并对主要的细胞谱系进行分类。

 

 

此外,HPA还对“人体分泌体”进行了分析,包括对预测可以分泌到人体血液的基因进行注释,以及对预测可以分泌到人体其他部位的蛋白质的注释,并对蛋白质浓度进行估计。

 

 

06
点击METABOLIC ATLAS,进入到代谢图谱

HPA提供了120个代谢通路,可以看到每个蛋白参与了哪些代谢过程,每个代谢通路均提供了不同区域mRNA表达的热图。

 

 

如输入RBKS,可以得到该基因参与的代谢通路详情。

 

小编总结

这个宝藏数据库你get了吗?不论是你课题前期阶段的基因探索(如:该选择哪个基因敲除或选择什么细胞系?),还是课题后期的结果验证(如免疫荧光切片、敲除某基因后siRNA的表达等),都可以在这里找到有力的证据,快快行动起来吧!

工具介绍

ImmPort:免疫相关数据资源

2020-8-28 1:17:53

工具介绍

药物基因组学分析必备数据库GDSC

2020-8-28 4:31:27

加入Q群
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
今日签到
有新私信 私信列表
搜索