药物基因组学分析必备数据库GDSC

肿瘤药物敏感性基因组学数据库(Genomics of Drug Sensitibity in Cancer,GDSC)由英国桑格研究院开发,收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应数据。癌基因组的变异会影响临床治疗的效果,不同的靶点对药物的反应也有很大不同。因此这类数据对于发现潜在的肿瘤治疗靶点十分重要。

数据库介绍

2019年7月更新后的GDSC数据库有了新的变化,增加了187种药物和超过160,000种新的独特的药物细胞系对,与以前的版本相比增加了~70%。GDSC数据库现包含了两套主要的数据集:GDSC1和GDSC2。GDSC1(收录2010 -2015)是对来自桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)和麻省总医院(Massachusetts General Hospital)的药物筛选数据进行了更新。剂量反应拟合中现在已包括可用的重复数据,以改进IC50估计数。43,496个新的IC50结果(药物-细胞系对)已经添加到以前的数据集。GDSC2(收录2015 至今)是新的,它有118,595个IC50结果,这些结果来自桑格研究所使用改进的实验程序进行的最新筛选。

到小编看的最新版本Release 8.3 (June 2020),数据量如下:

Release 8.3增强了两个新的数据可视化,Combined Analyses Volcano Plot覆盖了所有组织特异性和泛癌症相关性,以便在所有背景特异方差分析中可视化显著的生物标志物相关性。Compare compound 绘制不同药物之间剂量反应结果(IC50或AUC)之间的相关性。

IC50:the half maximal inhibitory concentration对细胞系抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度

AUC:the area under the dose–response curve药物-应答曲线下面积

数据库使用

一、首页

 

1.检索药物

点进第一套数据集

(1)几个相关的图形展示

①Overview:IC50、AUC值分布。

②IC50 by tissue:对细胞系根据组织分类的IC50分布。

③Volcano:genomic marker和药物敏感性的方差分析相关性。

④Scatter Plot:基因突变/野生分组的IC50分布。

⑤Compare compound:不同药物之间剂量反应结果(IC50或AUC)之间的相关性

2Overview选项下还有该套数据集的相关数据,可直接下载。

(3)也可在Compound选项检索

 

2. 检索基因

(1)输出靶向BRAF基因的药物剂量反应结果

(2)输出靶向BRAF基因的基因组特征

3也可在Features选项检索

 

3. 检索细胞系

1

(2)也可在Cell Lines 选项检索

 

二、数据下载

下载后数据:

小编总结
GDSC数据库是生信药物基因组学相关分析等非常常用的数据库,它的细胞系与COSMIC数据库是一致的,所以细胞系相关基因组数据也是通用的,并且药物反应数据的数量庞大,这对于我们生信的大数据研究是非常有利的,大家可以用来分析学习哦~

 

引用:

Yang W, Soares J, Greninger P, et al. Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC): a resource for therapeutic biomarker discovery in cancer cells. Nucleic Acids Res. 2013;41(Database issue):D955-D961. doi:10.1093/nar/gks1111

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