miRNANet:综合性miRNA靶基因预测数据库

写在前面

对于miRNA靶基因的预测而言,目前有很多数据库都可以做。这些数据库的区别基本上在于纳入的数据量以及预测的算法不同。预测的结果总是有一些不同的,所以也就导致各个数据库的结果可能不是很一样。我们在做miRNA调控基因预测的时候,经常需要寻找很多个数据库来预测,进而取交集来说明结果的稳定性。今天就给大家介绍一个收集了多个数据库来预测miRNA调控的数据库:miRNANet (https://www.mirnet.ca/miRNet/home.xhtml)。

数据类型输入

这个数据库提供了多种数据输入的方式,可以满足我们对于miRNA靶基因预测的各种需求。

1.输入相关想要预测的ID来获得miRNA调控信息。这里输入的ID包括:miRNA、基因、lncRNA、circRNA、小分子物质、转录因子、表观遗传调控因子、假基因。

2.提供基因的表达数据,从表达矩阵开始到差异表达再到miRNA调控网络一起做完。

3.提供miRNA的q-PCR的结果,分析差异表达的miRNA顺带的预测其靶基因。

数据库操作

数据库对于每一个选项都提供了详细的实例,如果有同学需要使用的的话,可以通过例子来输入即可。我们这里就以其中一个,输入基因来预测miRNA调控网络来进行举例。

在输入基因进行miRNA预测的时候,我们来进行制定物种选择合适的选项之后。点击submit即可。

提交完之后,我们点击下一步Proceed。就可以获得结果了。结果的界面当中包括?几个信息

我们可以点击Download就可以下载相关的结果。在下载的结果当中包含一个安装包。里面包含了网络当中的node和edge的信息。这些都是网络的基本信息,如果不是很了解的,可以看一下我们的第二篇推送。

在点击Proceed的时候,我们就可以有一个可视化后的网络了。关于这个网络就是基于我们下载的数据构建了,我们完全可以自己在cytoscape里面构建和美化的。

写在最后

基本上关于这个数据库的使用就这么多。有需要预测miRNA调控信息的,确实可以使用这个数据库来进行预测。随着现在网络数据库的增多,其实确实需要这种整合多个数据库来干一个事情的综合性数据库,这样的综合性数据库可以让我们不用疲于在不同的数据库当中预测结果了。

另外由于数据库布局和我们之前推送的一站式表达谱分析的数据库很像。所以查了一下果然是同一个团队的。有兴趣的可以看一下我们第三个帖子关于这个数据库的介绍。讲真的,这样整合性一站式的数据库真的很推荐使用的。

工具介绍

miRNA富集分析数据库

2020-8-28 5:11:10

工具介绍

4miRs:航母级miRNA数据库

2020-8-28 5:12:24

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