4miRs:航母级miRNA数据库

前几天有小伙伴问关于 miRNA 的数据库,由于 miRNA 相关的数据库太多了,要是分开介绍的话估计要好久好久。幸好,有人已经把 miRNA 相关的数据库整理好了,我们只需要基于自己的目的进行查找就可以找到相对应的数据库,然后进行使用就行了。这个数据库就是: 4miRs (https://tools4mirs.org/)。

 

miRNA的功能

在研究 miRNA 之前,我们肯定是要对 miRNA 的功能进行简单的介绍的,这里本来应该有一个简单的综述的,这个贴心的数据库自己做了一个精美的关于miRNA功能的视频,我们只需要观看这不到五分钟的视频就可以知道具体 miRNA 的功能了,由于视频是youtube上的,一般人看不了,所以我们就搬运过来,后期添加了简单的字幕。

Gene Silencing by microRNAs——Katharina Petsche

数据库使用

对于数据库的使用,由于网站已经分好类了,我们就基于基于其中一个目的来查找即可,来进行搜索就可以得到相对应的数据库了。由于miRNA用到最多的是靶点预测,所以这里我们就选择miRNA相关的靶点预测看一下如果筛选数据库。我们在这里点击: “Target Prediction”。

点击之后我们就可以看到下面的这个界面,界面当中提供了,我们用来筛选数据库的条件。我们只需要基于自己的需求来选择即可。如果某一项不选的话,那就代表都全选。

这里我们在物种里面选择: “human” + “online”。选完之后,我们点击”filter”就可以筛选了。筛选完的结果是以表格的形式来进行呈现的。我们需要做的就是,通过里面的描述来进行数据库筛选。

数据库总结

这个数据库的使用基本上就是这样的,剩下的,就是我们基于出来的内容去选择自己想用的数据库了。对于数据库的选择建议还是:

  1. 选择发表日期近的数据库,这样的数据库至少里面包含的数据肯定会比之前发表的多。
  2. 选择被引次数多的数据库,这样被引的多说明相对来说比较权威。

这类总结其他数据库的网站,最怕的还是不更新了,这样的话,那我们也就检索不到最新的数据库了。但是这个数据库上面,写了最近的更新是最近,所以应该还是一个时常更新的数据库的。但是这个数据库可能只是纳入,对于其纳入的数据库是不是后来就关闭了,没有筛查,所以我们有一些可能点开发现数据库网址关闭了,例如:MAGI这个。就是这样的结果,这个也是没办法的,既然这样那就找下一个呗。

工具介绍

miRNANet:综合性miRNA靶基因预测数据库

2020-8-28 5:11:49

工具介绍

RNAmod:一站式在线mRNA修饰注释平台

2020-8-30 0:01:27

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