人、大鼠、猪等常见物种英文全程及简写

每当我们做GO和KEGG的时候,往往会遇到一个问题,你的数据的物种是什么?简写又是什么?人的是homo sapiens,简写hsa,而安装org.Xx.eg.db时人则是安装org.Hs.eg.db,那小鼠呢?大鼠呢?再高大上一点,猪呢?

贴一下常用的脊椎动物的:
Homo sapiens (human) hsa 人
Pan troglodytes (chimpanzee) ptr
Macaca mulatta (rhesus monkey) mcc
Mus musculus (mouse) mmu 小鼠
Rattus norvegicus (rat) rno 大鼠
Canis familiaris (dog) cfa
Bos taurus (cow) bta

Ornithorhynchus anatinus (platypus) oaa
Gallus gallus (chicken) gga
Taeniopygia guttata (zebra finch) tgu
Xenopus laevis (African clawed frog) xla
Xenopus tropicalis (western clawed frog) xtr
Danio rerio (zebrafish) dre

Sus scrofa (pig) ssc 猪
Equus caballus (horse) ecb
Monodelphis domestica (opossum) mdo

 

 

以上的列表应该够用,如果研究方向太偏,具体的可以往KEGG官网搜

 

那按照org.Xx.eg.db呢?

人  org.Hs.eg.db

小鼠 org.Mm.eg.db

大鼠 org.Rn.eg.db

猪 org.Ss.eg.db

 

斑马鱼:Bioconductor – org.Dr.eg.db – /packages/release/data/annotation/html/org.Dr.eg.db.html

Details biocViews AnnotationData , Danio_rerio , OrgDb Version 3

拟南芥:Bioconductor – org.At.tair.db – /packages/release/data/annotation/html/org.At.tair.db.html

Details biocViews AnnotationData , Arabidopsis_thaliana , OrgDb Version 3

小鼠:Bioconductor – org.Mm.eg.db – /packages/release/data/annotation/html/org.Mm.eg.db.html

Details biocViews AnnotationData , Mus_musculus , OrgDb , mouseLLMappings Version 3

人类:Bioconductor – org.Hs.eg.db – /packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html

Details biocViews AnnotationData , Homo_sapiens , OrgDb , humanLLMappings Version 3

生物信息学

matplotlib实现一页多图

2020-8-29 23:47:29

生物信息学

空白云服务器的一些生物信息学设置

2020-8-29 23:53:41

加入Q群
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
今日签到
有新私信 私信列表
搜索