miRactDB数据库:miRNA研究工具

服务于探究miRNA与mRNA的调控关系的数据库,有很多很多了,但是总有那么点遗憾。比如TargetScan /miRBase/miRDB,主要关注miRNA靶点的预测,但不强调他们之间的真实相互作用;比如 miRTarBase/StarBase/miRwalk,都是在一般意义上进行的,不是在癌症背景下进行的;比如oncomiR/ miRCancerdb,虽然是基于癌症组学数据,但仅限于相关性,不涉及生物学意义,且针对个体癌症而非泛癌。而我们今天介绍的miRactDB数据库,不存在上述遗憾,换句话说,这是一个研究在泛癌中具有生物学意义的miRNA-mRNA相互作用机制的数据库
该数据库于2020年5月20日,发表在BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS上,影响因子8.99。

网址链接:https://ccsm.uth.edu/miRactDB
数据库说明:通过整合TCGA数据库,CCLE数据库,GTEx数据库的信息,最终在31种癌症类型(不包括FPPP/GBM / LAML)的8375 个样本中,探究了1046个miRNA 和20531个基因之间的关系,合计21475462 个miRNA-mRNA关系对。
该数据库的使用价值:
(1)可检索泛癌miRNA-mRNA关系对,尤其是提供了miRNA正向调控mRNA的信息(这里是非直接调控关系,胖师兄表示很失望,他以为会是直接调控的新大陆~~)
(2)可检索mRNA/miRNA在泛癌中的表达(正常/肿瘤/不同疾病分期)/高中低表达水平对应的预后情况
(3)可检索miRNA的host基因
(4)提供了药物-活性分子-基因网络,支持以mRNA/miRNA进行查询(这个还是比较新鲜的,虽然基于专门的药物成分-靶点预测网站得到的mRNA也能再关联miRNA,但是对于广大不做分析的同学来说,还是比较友好的,且这样能拓宽我们的选题角度。)
(5)提供了疾病-基因网络,支持以mRNA/miRNA进行查询
虽然这里的使用价值的实现,主要依赖于整合目前比较成熟的其他的数据库的信息,但是该数据库信息之庞大,可谓是前不见古人呀。
使用说明:
(1)使用起来非常友好,直接在首页检索你所关注的miRNA/mRNA,或者一起检索都可以。

 

(2)search之后,可以得到目标miRNA-mRNA关系对在不同数据/癌症类型中的调控类型,其中红色表示正向调控,绿色表示负向调控,灰色表示不显著的调控。点击miRNA的超链接,即可进入详情页。

 

(3)详情页中有导航栏,根据自己感兴趣的点去查看即可,结果展示非常友好。

 

(4)一个个的检索,略有点慢,作者也很善解人意的提供了可下载文档,文件有点大,如果只是关注少量基因,我们直接网页进行检索就好。

待改进的地方:
有些图不是独立的,不好直接放在文章中。比如我只关心一种疾病,结果展示的是一堆疾病中的情况,这里就要考验大家的抠图功底了。
写在最后,如果你看到这里,还有未解的好奇心,请点击上述网址链接,作者提供了详细的help功能。
工具介绍

经过同行评审的视频protocol数据库JoVE

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2020-9-27 12:59:16

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