如何从富含色素样本中提取高质量的RNA?

获取高质量的RNA是开展基因功能研究,基因结构研究,基因表达差异研究等工作的前提。很多生物学样本,由于样本本身的特殊性,如高糖高脂,多糖多酚含量高,按照常规RNA提取流程,会导致RNA得率低,RNA质量差等问题。高色素的样本同样会影响RNA的质量。本文分享一篇文章,阐述如何从富含色素样本中提取高质量RNA。

Muhammad‑Asyraf Khairul‑Anuar等在3 BIOTECH 杂志上发表一篇题为High‑quality RNA isolation from pigment‑rich Dendrobium fowers的文章,阐述了如何从富含色素和富含多糖多酚的石斛中提取高质量RNA。

从石斛中分离出高质量的RNA是一个挑战,因为石斛含有大量的色素、多糖和多酚。本研究对石斛色素的提取方法进行了优化。A260/280在2.2到2.4之间,A260/230的值为2.0,表明分离的RNA不含多聚物、多糖和蛋白质污染物。RIN值可达到7.9-8.9之间,表明RNA较为完整。改进的方法,是在提取液中添加3 M NaCl和3%PVP-10,然后在65°C下温浴45分钟,可去除大部分多糖、多酚类化合物和变性蛋白质。提取苯酚:氯仿:异戊醇(125:24:1)能有效地去除水相中的色素,而用氯化锂沉淀RNA可最大限度地减少蛋白质、DNA和多糖的共沉淀,从而获得高质量的RNA。以石斛杂种后代不同发育阶段的RNA为材料,通过RT-PCR扩增查尔酮合成酶基因,验证了此方法适用于下游实验。本方法对于从富含色素、多酚和多糖的植物组织中提取RNA是非常有效的。

 

石斛花

改良CTAB法提取总RNA的主要步骤流程

方法改进后,从电泳图中可见,RNA质量得到较大改善。

方法改进后,从 AGILENT 2100 BIOANALYZER检测结果可见,RIN值提升明显。

本文建立了一种基于改进CTAB的RNA提取方法,适用于富含色素、多酚和多糖的样本。从石斛样本中分离到了高质量和高产量的RNA,获取的RNA适合于查尔酮合成酶部分编码序列的反转录和QPCR扩增。该方法是一种简单、有效、可重复的方法。

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