LncAS2Cancer:lncRNA可变剪切数据库

在过去的两年里生信人陆陆续续推出了很多可变剪切相关的文献、课程、项目,可变剪切总是在你以为它热度结束的时候卷土重来,今天小编给大家介绍一个2020年8月发布的数据库LncAS2Cancer(https://lncrna2as.cd120.com/),人类癌症相关的lncRNA可变剪切综合数据库

LncAS2Cancer: a comprehensive database for alternative splicing of lncRNAs across human cancers

LncAS2Cancer主要收集了5335个RNA测序和1826个单细胞RNA测序样本,涵盖了30多种癌症类型。通过应用六种最新的拼接算法(rMATS, MAJIQ, SEASTAR, Dapars, SUPPA2 and Brie),可以识别出八种拼接类型(Skipped exon(SE), Alternative 5′ splice site(A5SS), Alternative 3′ splice site(A3SS), Retained intron(RI), Mutually exclusive exons(MXE), alternative transcription start site(altTSS), alternative transcription termination site(altTTS) and complex splicing(ComplexAS) )的50859个可变剪切事件并将其存储在数据库中。
LncAS2Cancer包含以下信息:

(i)在七种不同条件下(例如基因干扰)的lncRNA剪接模式,有助于推断潜在的调控子

(ii)从八种资源获得以及手动收集的注释信息,以了解受影响序列的功能影响;

(iii)生存分析以探索潜在的生物标志物

(iv)一套用于浏览,搜索,可视化和下载的工具。

 

下面就让我们来看看这数据库的真面目吧~

Home

Search

可以浏览或搜索lncRNA的可变剪切事件,可以使用不同的选项,例如lncRNA类型,替代剪接类型,疾病等。

 

检索方法:快速搜索,基本搜索,高级搜索和批处理搜索。

结果部分可以提供可变剪切事件的详细信息并下载。

 

Tools

输入序列以对LncAS2Caner中的其他剪接事件进行blast

批量搜索,如基因名称,整合体ID,LncRNA类型,组织,疾病,细胞系,测序方法,AS类型,AS ID等等。

API获取数据。

Download

可以从GENCODE和FANTOM下载不同的替代剪接事件。

Submit

我们还将自己的数据提交到LncAS2Caner。

还有相关的StatisticsHelp界面介绍该数据库包含的详细数据信息和帮助文档。

工具介绍

miRactDB数据库:miRNA研究工具

2020-9-19 18:41:44

工具介绍

SNP2APA数据库:肿瘤突变研究工具

2020-10-2 22:35:24

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