8-10分SCI文章套路教学系列课:细胞交互套路miRNA

大家好,我是先锋班学员张图图,今天给大家带来“8-10分SCI文章套路教学”系列课——细胞交互套路课堂的文献解读。
这是一篇2020年发表在Cancer Letters的文章,影响因子7.36
首先,我们来看看文章题目:Bone marrow mesenchymal stem cell-derived exosomal miR-206 inhibits osteosarcoma progression by targeting TRA2B
 
题目要素拆解 
主变量:miR-206,
下游效应变量:TRA2B,
供体细胞:BMSC(骨髓间充质干细胞),
受体细胞:骨肉瘤细胞,
细胞交互途径:外泌体,
表型:细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭。
假设逻辑:
结合摘要我们推断出科学假设:BMSC(骨髓间充质干细胞)中的【miR-206】通过外泌体,进入到骨肉瘤细胞中调控TRA2B,进而介导抑癌表型
三. 数据泛读:
接下来我们进行各个图表的讲解:

 

Fig.1:TRA2B is highly expressed in osteosarcoma and associated with poor prognosis.
 
A-C图,热图展示了三个骨肉瘤差异基因GSE数据集。
D图,将A-C图中的三个GSE数据集与另一个骨肉瘤差异基因数据集(GSE42352)中的显著上调基因取交集,共有11个基因,其中包括TRA2B。
E图,展示了TRA2B在GSE42352数据集中的表达差异情况。
F-H图,分别在R2数据库、GEPIA数据库中分析TRA2B的高表达与骨肉瘤患者更低的总体生存率、无病生存率相关。
I图,对内部骨肉瘤患者组织进行免疫组化染色验证TRA2B主要表达在细胞核。
J图,通过WB验证TRA2B在骨肉瘤患者组织中较正常组织高表达。
总结:Fig.1展示了TRA2B在骨肉瘤中高表达,且其高表达与更差的预后相关
 

Fig.2:miR-206 is poorly expressed and targets TRA2B in osteosarcoma.

 

A图,展示了对五个预测网站中靶向TRA2B的miRNA取交集,共有3个miRNA,其中包括miR-206
B、C图,进一步分析表明miR-206在GSE骨肉瘤差异基因数据集中低表达,且与TRA2B呈负相关。
D、E图,作者通过qRT-PCR及WB验证在内部骨肉瘤患者组织中,miR-206低表达,且与TRA2B呈负相关。
F、G图,通过qRT-PCR及WB检测了6个骨肉瘤细胞株中miR-206与TRA2B的基础表达。
H、I图,展示了miR-206与TRA2B的预测结合位点,并通过荧光素酶报告基因实验验证miR-206结合TRA2B,且依赖于预测结合位点。
J-L图,通过qRT-PCR及WB验证miR-206可以负调控TRA2B。
总结:Fig.2展示了miR-206在骨肉瘤中低表达,其靶基因为TRA2B
 
Fig.3:miR-206 inhibits the proliferation, migration, and invasion of osteosarcoma cells and promotes their apoptosis.
A、B图,通过Edu法及克隆形成实验验证miR-206抑制癌细胞增殖。
C图,通过流式细胞术验证miR-206促进癌细胞凋亡。
D图,通过细胞骨架观察实验验证miR-206抑制癌细胞的细胞骨架形成(微丝蛋白F-actin)。
E、F图,通过划痕实验及Transwell实验验证miR-206抑制癌细胞迁移、侵袭。
G图,通过WB检测EMT标志物验证miR-206抑制EMT。
总结:Fig.3展示了miR-206发挥抑癌功能
 
Fig.4:miR-206 regulates the proliferation, apoptosis, migration, and invasion of osteosarcoma cells by targeting TRA2B.
 
D图,通过WB验证分子操作效率。
A、B图,通过Edu法、克隆形成实验验证miR-206调控癌细胞增殖依赖于TRA2B。
C图,通过流式细胞术验证miR-206调控癌细胞凋亡依赖于TRA2B。
D图,通过细胞骨架观察实验验证miR-206调控癌细胞的细胞骨架形成依赖于TRA2B。
F、G图,通过划痕实验及Transwell实验验证miR-206调控癌细胞迁移、侵袭依赖于TRA2B。
H图,通过WB检测EMT标志物验证miR-206调控EMT依赖于TRA2B。
总结:Fig.4展示了miR-206发挥抑癌功能依赖于TRA2B
Fig.5:BMSC-derived exosomal miR-206 can be internalized by 143B cells.
A-C图,作者通过超速离心法抽提BMSC(骨髓间充质干细胞)的外泌体,并通过电镜形态分析、粒径大小分析、检测外泌体标志物证实外泌体。
D图,通过荧光标记外泌体观察143B骨肉瘤细胞可以摄取BMSC的外泌体。
E图,通过qRT-PCR验证在BMSC中过表达miR-206的效率。
F、G图,通过qRT-PCR和WB验证BMSC的外泌体以及过表达miR-206可以使TRA2B表达降低。
总结:Fig.5展示了BMSC来源的外泌体可以调控骨肉瘤细胞中TRA2B的表达;在BMSC中过表达miR-206的外泌体可以通过外泌体调控TRA2B表达
 
Fig.6:BMSC-derived exosomal miR-206 inhibits the proliferation, migration, and invasion of osteosarcoma cells and promotes their apoptosis.
A、B图,通过Edu法及克隆形成实验验证BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制癌细胞增殖。
C图,通过流式细胞术验证BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206的外泌体可以癌细胞凋亡。
D、E图,通过划痕实验及Transwell实验验证BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制癌细胞迁移、侵袭。
F图,通过WB检测EMT标志物验证BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制癌细胞的EMT。
G图,通过细胞骨架观察实验验证BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制癌细胞的细胞骨架形成。
总结:Fig.6展示了BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206发挥抑癌功能
 
Fig.7:BMSC-derived exosomal miR-206 suppresses osteosarcoma growth and metastasis in vivo.
 
A-C图,通过移植瘤动物模型验证BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制体内肿瘤生长。
D、E图,通过qRT-PCR验证分子操作效率。
F、G图,通过WB验证BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制体内肿瘤细胞的EMT。
H、I图,通过HE染色法验证BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制体内肿瘤转移。
J图,通过免疫组化印证F、G图中的结果。
总结:Fig.7在动物层面上验证BMSC来源的外泌体以及BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制体内肿瘤生长;BMSC中过表达miR-206的外泌体可以抑制体内肿瘤细胞的EMT与转移

一. 细胞交互功能论证:

1.供受体细胞共培养(可省)

2.供体细胞培养基/外泌体处理(Fig.6)

3.阻断外泌体观察表型(无)

二. 细胞交互途径(本文为外泌体)论证:

1.形态观察(Fig.5A)

2.粒径测量(Fig.5B)

3.标志物检测(Fig.5C)

三.主变量的表达差异论证-供体细胞、培养基/外泌体:

1.供体细胞中(无)

2.培养基/外泌体中(无)

四. 主变量介导细胞交互功能论证:

1.供体细胞上操作主变量观察表型:一正一反(Fig.6;缺少一反)

2.受体细胞上操作主变量观察表型:一正一反(Fig.3)

五. 受体细胞摄入外泌体+主变量(Fig.5D)

六. 主变量的表达差异论证-受体细胞:

1.供受体细胞共培养(无)

2.供体细胞培养基/外泌体处理(无)

3.阻断外泌体(无)

七.受体细胞下游机制(miRNA-mRNA)论证:

1.miRNA(在受体细胞里)结合mRNA(Fig.2H-I)

2.miRNA(供体细胞/培养基/外泌体/在受体细胞里)调控靶基因(Fig.5F、G;Fig.2J-L;缺少阻断外泌体观察靶基因,供体细胞省)

八. 供体细胞上游机制论证:无

九. 动物、组织层面论证:

1.主变量在组织层面具有表达差异(Fig.2B、D)

2.主变量与下游效应变量在组织层面具有相关性(Fig.2C、E)

3.主变量在动物层面介导表型:受体细胞直接操作、供体细胞/供体细胞培养基/外泌体处理(Fig.7;缺少阻断外泌体观察表型)

4.主变量在动物层面调控下游效应分子,以及介导表型依赖于下游效应分子/外泌体(无)

十. 必要性论证:

1.供体细胞上过表达主变量,阻断外泌体,观察受体细胞中主变量表达差异、下游效应分子表达差异、表型(无)

2.供体细胞上操作主变量,受体细胞上同时操作下游效应分子(与调控方向相反),观察表型(无)

3.受体细胞上操作主变量,受体细胞上同时操作下游效应分子(与调控方向相反),观察表型(Fig.4)

 

注:由于作者是先从效应变量开始入手(换癌症类型而不换表型),所以多出Fig.1-效应变量的表达差异数据

图表按照套路进行归类后,我们从创新维度、逻辑维度、数据维度来评析一下这篇文章:
创新维度:本篇文章细胞交互模式不新,主变量miR-206与表型的关系不新;效应分子与表型关系明确;本文创新点在于围绕主变量的下游机制与表型、细胞交互关系建立。
逻辑维度:本篇文章逻辑维度包含变量嵌套、分子嵌套、细胞嵌套。细胞交互中的主变量分子差异均没有论证(即老谈老师直播中讲到的BMSC的外泌体中是否含有miR-206没有论证),并且供体细胞上操作主变量观察表型只进行了过表达;阻断外泌体的必要性论证数据均没有出现;主变量介导表型依赖于效应变量的论证中缺少在供体细胞上操作主变量的数据。
 
数据维度:本篇文章数据维度包含细胞、动物、内部组织、外部数据集;多模型(另外一种细胞的表型结果放在补充材料中)、多法标论证有做到位;缺少主变量的临床相关性分析的数据。
这是我的解读,不知大家怎么看,欢迎大家评论区一起交流~
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