十大肿瘤生信常用数据库

首先祝大家假期快乐,作为生信分析人员,在处理TCGA数据或者处理相关的项目需求的时候难免会利用已有的工具进行初步的调研。虽然现在各种小工具五花八门,但是真正能对课题起到帮助的也不是很多。小编这边为大家抛砖引玉的介绍几个常用的TCGA数据挖掘和分析工具。
1、TCGA
官网地址:  https://portal.gdc.cancer.gov/
小编认为虽然下载数据TCGA官网肯定不如CGDSR或者XENA,但是呢,它的信息最全,有很多稀奇古怪的临床指标都得从这下载。
除此之外,一些整体的样本情况,实验和对照信息,临床统计数据,也都一目了然。
2、GEPIA  
官网地址:  http://gepia2.cancer-pku.cn/#index
现在工具版本升级到2了,这个支持TCGA所有的样本基因的差异分析,预后分析。
GEPIA2还支持TCGA和GTEx联合分析,这对于提升差异的准确性相当友好。如果你的课题涉及到了TCGA数据基因的表达和预后,可以选择这个工具,事半功倍哦。
3、cbioportal  
官网地址:  https://www.cbioportal.org/
下载TCGA的突变数据firebrowse或者xena效果更好,但是对突变数据整体评估,单个基因突变预后分析,这个工具更优秀。
还支持自定义基因队列情况,所做的图也都提供下载。
4、UALCAN 
官网地址:  http://ualcan.path.uab.edu/ 
这个数据库可以对TCGA数据的RNA-seq进行深入研究,主要是miRNA,还可以预测药物靶点,因为整合了drugbank数据库,可以认为是一个GEPIA的补充。
同时,其相关的癌型都有亚型可以选择,miRNA可以直接绘制km曲线,十分方便。
5、Ln2Cancer 
官网地址:  http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/ 
上一个说完了miRNA,这个说下专门的lncRNA研究工具。同样还有TANRIC 也不错。
6、TCIA   
官网地址:  http://www.cancerimagingarchive.net/
The Cancer Imaging Archive (TCIA)TCIA存储了TCGA病人的影像学资料,如MRI,CT等,以DICOM文件格式存储,还提供与患者结果,治疗细节,基因组学,病理学和专家分析等图像相关的信息。
7. TCPA(The Cancer Proteome Atlas)   
官网地址:  https://www.tcpaportal.org/
由MD Anderson Cancer Center开发的用于TCGA蛋白质组学数据下载,挖掘可视化的网站。
8、FASMIC 
官网地址:  https://bioinformatics.mdanderson.org/main/FASMIC 
FASMIC数据库,由MD Anderson Cancer Center开发的用于分析突变数据的网络平台。
9、Cancer Regulome Datasets 
官网地址:  http://explorer.cancerregulome.org/
由Center for Systems Analysis of the Cancer Regulome开发的基于Web的交互式工具,用于可视化和探索临床和分子TCGA数据之间的关联。
10、Tumor map  
官网地址:  https://tumormap.ucsc.edu/
一个通过各种手段整合在一起的聚类的可视化交互工具,帮助不懂分析的人进行测序数据的格式化操作。
Tumor Map is an interactive browser that allows biologists, who may not have computational expertise, to richly explore the results of high-throughput cancer genomics experiments on thousands of patient samples.
目前,小编觉得只能是看看,学习学习,暂时不清楚如何应用到套路文章。
工具介绍

XL Toolbox—Excel高质量图片导出

2020-10-4 22:19:36

工具介绍

突变对表达影响预测数据库

2020-10-22 23:30:04

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